南京南站可以站內換乘，下車後從站台能直達候車室。一般來説，會在乘坐第一趟車之前就提前取好兩趟列車的車票，第一趟列車到達後乘坐直梯或者直接走樓梯往上，就是換乘通道，憑兩趟列車車票進入候車大廳即可換乘。
同台換乘：同站台換乘是最便捷的換乘方式。乘客下車後在同一站台等候另一條路線列車抵站，即可轉車。
節點換乘：適用於十字型線路和T字型線路，施工時在通道連接部分做成一體化設計。換乘時要求乘客下車後利用樓梯或電動扶梯，到達位於另一樓層的站台轉車。
通道換乘：常見於兩站台間相距較遠的車站。乘客下車後需經過專用通道，步行一段距離，到達另一條路線的站台轉車，通常都需要在中途轉換樓層。
