目前常用的有機熒光染料標記物是熒光素類以及羅丹明類染料。
常用的有機熒光染料標記物是熒光素類以及羅丹明類染料。熒光素類標記物的熒光量子產率高，有較好的光穩定性和低的温度係數，但其熒光發射在血清背景熒光之內，並且斯托克斯位移較小，對樣品的散射光敏感。
和熒光素相比，羅丹明類標記物的熒光產率較小，但其發射波長較長，樣品背景干擾較小。熒光素類和羅丹明類標記物可作為熒光共振能量轉移的供、受體用於熒光免疫分析。近年來有報道將熒光素氟化，藉以提高染料的熒光量子產率。一些氟化熒光素染料的熒光量子產率可以達到0.85~0.97.有關熒光素和羅丹明熒光標記物已有多篇綜述。近年來有多篇文獻報道各種新型修飾熒光素類以及羅丹明類染料，熒光量子產率均有提高，熒光發射波長甚至可以達到近紅外範圍，有望用於免疫分析。
熒光染料是指吸收某一波長的光波後能發射出另一波長大於吸收光的光波的物質。它們大多是含有苯環或雜環並帶有共軛雙鍵的化合物。熒光染料可以單獨使用，也可以組合成複合熒光染料使用。
