1、沸水消毒：根據暖奶器內刻度線加入約120-150ml的水倒入暖奶器內，在對暖奶器進行消毒之前，必須用温水將奶嘴沖洗乾淨。用開水給暖奶器消毒，一般水開後浸泡兩三分鐘。
2、蒸汽消毒：這是目前最有效最好的方法之一。在95-97的温度下蒸12-15分鐘，可以有效殺滅大部分致病菌，且不會破壞暖奶器的材質。市面上有很多暖奶器和消毒器，都是基於蒸汽消毒的原理。可以同時將暖奶器放入奶瓶中進行消毒。
簡易型暖奶器，這類暖奶器結構簡單，便於攜帶，沒有設置調温旋鈕，功率約為10瓦，耗電非常少，適用於保温，涼奶加熱到15度，需半小時以上，如需加熱到30度左右，需提前數小時放上去。且保温、加熱的牛奶不宜超過60ml。
普及型暖奶器，這類暖奶器結構比較簡單，配有調温旋鈕，温度控制範圍通常為40-100度，當電熱功率大於80瓦時，適用對牛奶的保温、加熱，由於其增加了調温旋鈕，亦可加入水來做導熱體，所以熱奶速度較快，此種暖奶器的電熱體分為暗藏式和敞開式，後者便於清潔水垢。採用分體式設計的暖奶器，可以旋去上面的盛水筒，單獨用作電熱盤，直接加熱用金屬容器盛放的食物，亦可加熱玻璃壺內的水，用於寶寶調奶時使用。
