短吻鱷除我國以外還分佈在美國。目前地球上存在兩種短吻鱷，一種是位於美國密西西比河的短吻鱷，另一種就是位於我國長江流域的揚子鱷。揚子鱷在體型上要比美國短吻鱷稍微小一些，但揚子鱷在我國屬於一級保護動物，因為種羣數量實在太稀少了。
中國短吻鱷只生長在長江沿岸的淡水地區。路易斯安那州南部的洛克菲勒野生動植物公園（RockefellerWildliferefuge）現時也有幾隻中國短吻鱷在保護中。美國短吻鱷則出現於美國的卡羅萊納州至佛羅里達州，和墨西哥灣沿岸地區一帶。大多數的美國短吻鱷棲息於佛羅里達州和路易斯安那州的淡水環境中。
美國短吻鱷列入《世界自然保護聯盟》（IUCN）2013年瀕危物種紅色名錄ver3.1——低危（LC）。中國已經把揚子鱷列為國家一級保護動物，嚴禁捕殺。國內於2018年10月9日被核准為1級保護水生野生動物（不含人工種羣）。
