混合肥料是由機械方法混合幾種單一肥料、或一種單一肥料與二元或三元複合肥料混合而得。有時可在其中加入一些填充物，以改善肥料的物理和化學性質。如為防止硝酸銨和普通過磷酸鈣所製成混合肥料產生的過度酸化，可加入一些石灰來中和土壤的過量酸度，以創造對作物生長更為有利的條件。有些單一肥料之間不宜相互混合，如硫酸銨和草木灰混合，會引起氮的損失。
一、可以混合的情況：如廄肥、堆肥與鈣鎂磷肥混合，廄、堆肥在發酵中產生的有機酸可以促進難溶性磷的分解。廄、堆肥與過磷酸鈣混合，可以減少磷肥中的有效磷與土壤接觸，防止磷被土壤的固定。酸性強的有機肥，如高位草炭與鹼性肥料（如石灰、鋼渣磷肥、石灰氮或草木灰等）混合時，鹼性肥料中的鹼性可以來中和草炭的酸性。人糞尿混入少量過磷酸鈣可以形成磷酸二銨，減少和防止氨的揮發損失。
二、不宜混合的情況：某些未腐熟廄肥、堆肥不能與硝酸鹽肥料混合，否則容易產生反硝化作用，引起氮的損失。新鮮的、含有大量纖維物質的有機物質，最好不要與礦質肥料混合，應該等到它腐熟後再與礦質肥料混合，不過也有例外，就是即使是腐熟的人糞尿也不要與鹼性肥料混合，以免加速氨的揮發。
