視情況而定。支付寶公交卡用哪裏的錢，要看用户支付寶的付款設置，通常是以支付寶餘額優先付款。付款途徑包括：“餘額”、“餘額寶”、“花唄”、銀行卡。用户可手動進入支付寶，設置扣款方式或扣款順序。
城市中乘坐公交車時一般都使用IC卡。有專門的公交卡，也有和銀行卡合用的公交卡，即既可以當銀行卡使用，也可以當作公交卡使用。目前還有和手機SIM卡放在一起的移動公交卡。在公交車上可以刷手機消費，出門不再需要帶一堆的散錢，既方便又時尚。
2015年1月15日，交通運輸部出台《關於全面深化交通運輸改革的意見》。《意見》稱交通部研究制定智慧交通發展框架，實現ETC、公共交通一卡通等全國聯網。
