分公司可以獨立開發票的。分公司無論是否為獨立核算，只要是從事生產經營，與總機構不在同一縣（市）的，就應該到所在地主管税務機關辦理税務登記，接受税務管理，繳納税款，開具發票。經有權的税務機關批准彙總納税的，按彙總納税的規定繳納税款開具發票。
發票內容一般包括：票頭、字軌號碼、聯次及用途、客户名稱、銀行開户賬號、商（產）品名稱或經營項目、計量單位、數量、單價、金額，以及大小寫金額、經手人、單位印章、開票日期等。實行增值税的單位所使用的增值税專用發票還應有税種、税率、税額等內容。
專用發票既具有普通發票所具有的內涵。同時還具有比普通發票更特殊的作用。它不僅是記載商品銷售額和增值税税額的財務收支憑證。而且是兼記銷貨方納税義務和購貨方進項税額的合法證明，是購貨方據以抵扣税款的法定憑證，對增值税的計算起着關鍵性作用。
分公司和總公司發票的處理方法：
1、如果分公司和總公司之間是獨立核算的，可以相互開發票，但開發票的時候，要注意按市場公允價格來計算勞務、商品的價值，不能按自己的需要來計算，這叫關聯交易。
2、如果相互之間不是獨立核算的，而且又是在同一個區域內，或者經税務機關審批同意彙總繳納的。
