自身免疫性腦炎的治療，必須注意遵守一些原則以及方法，而目前對於自身免疫性腦炎的治療，主要為靜脈注射免疫球蛋白，或者是高級涼皮之類固醇激素，以及使用一些b細胞羣的藥物。
1、由於自身免疫性腦炎比較罕見
，目前還沒有關於治療的隨機試驗，不同的綜合徵和不同抗體相關腦炎對治療的反應也不同。目前治療的主要依據是病例報告和專家共識，其中推薦的一線治療方案為靜脈注射免疫球蛋白、高劑量皮質類固醇激素、血漿置換，或上述的組合。在一線治療效果不佳的情況下，可以考慮一些影響B細胞羣的藥物，如利妥昔單抗、環磷酰胺和黴酚酸酯。2、具體而言
，對於LGI1抗體介導的邊緣葉腦炎，聯合靜脈注射免疫球蛋白和高劑量皮質類固醇可能優於單獨使用類固醇治療。而對於抗NMDA受體腦炎，研究發現使用二線治療的療效更為理想。疾病的治療策略可能會隨着時間的推移和經驗的積累而演變。3、一旦患者出院，
推薦對患者進行多學科護理，包括康復治療、言語訓練，以及神經精神和神經免疫學的隨訪，和惡性腫瘤的年度監測。
