不管男性還是女性朋友感染上支原體的第一反應就是尿道刺痛，緊接着出現尿急、尿頻、排尿刺痛等。對於女性朋友來説症狀會更嚴重一些，甚至會導致輸卵管炎、子宮內膜炎等。
潛伏期為1-3周，典型的急性期症狀與其他非淋病性生殖泌尿系統感染相似，表現為尿道刺痛，不同程度的尿急及尿頻、排尿刺痛，特別是當尿液較為濃縮的時候明顯。尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄，量少，為漿液性或膿性，多需用力擠壓尿道才見分泌物溢出，常於晨起尿道口有少量粘液性分泌物或僅有痂膜封口，或見污穢褲襠。
亞急性期常合併前列腺感染，患者常出現會陰部脹痛、腰痠、雙股內側不適感或在做提肛動作時有自會陰向股內側發散的刺痛感。
女性患者多見以子宮頸為中心擴散的生殖系炎症。多數無明顯自覺症狀，少數重症病人有陰道墜感，當感染擴及尿道時，尿頻、尿急是引起病人注意的主要症狀。感染侷限在子宮頸，表現為白帶增多、混濁、子宮頸水腫、充血或表面糜爛。感染擴及尿道表現為尿道口潮紅、充血、擠壓尿道可有少量分泌物外溢，但很少有壓痛出現。
支原體感染常見的合併症為輸卵管炎，少數患者可出現子宮內膜炎及盆腔炎。
