同治皇帝載淳是慈禧太后的親生兒子，1872年同治16歲，該立皇后了。當時有兩個人選，一為侍郎鳳秀的女兒，此女嫵媚多姿，是慈禧心目中的皇后;一為侍郎崇綺的女兒，年長於鳳秀的女兒，相貌亦稍遜，但端莊過於前者，深為慈安太后所喜。經過民主淘汰賽，崇綺的女兒勝出，被立為後，即孝哲皇后;鳳秀的女兒則入選為妃，稱慧妃。
同治對皇后又愛又敬重，而且是敬重多過愛戀，“始終敬禮之”，慈禧看着甚為不爽，因此每次接見皇后，都不給好臉色。老孃對兒子的媳婦態度不好，兒子自然也有反彈，由此影響到母子之間的感情。孝哲皇后冰雪聰明，知道婆婆當國中意慧妃，於是勸同治多去寵幸慧妃。同治為此很糾結，去找慧妃吧，又不是自己所愛;寵愛皇后吧，老孃又不歡喜。思來想去，只好獨居在乾清殿。
一個大男人獨居久了，便耐不住，再受一些不良人士的誘導，居然微服去花街柳巷，“帝遂於家庭無樂趣矣，乃出而縱淫”。不久染花柳病在牀，太醫診斷之後大為吃驚，向慈禧請示，慈禧居然批示：“按天花治。”這樣當然治不好病，同治很焦躁，問太醫：“朕患的不是天花，為何下的是治天花的藥？”太醫答：“太后的意思。”同治無語，恨恨而已。
同治死後不過百日，皇后亦死，死得蹊蹺。當時官方的對外口徑是：“皇帝駕崩，皇后悲傷過度，抱病而亡。”真如此嗎？非也。傳言同治病重時，慈禧一方面不允許皇后在旁照料，一方面又指責皇后不照顧皇帝，孝哲皇后回了一句：“未奉懿旨，不敢擅專。”慈禧一時語塞。同治臨死前，本欲立子侄輩份的溥字輩為皇帝，如此一來，孝哲皇后便可做太后，而慈禧在上升為太皇太后的同時，也就喪失了垂簾聽政的權力。慈禧出於保權的目的，立同治的堂弟，也就是自己親妹妹的兒子載湉為帝，即光緒皇帝，這樣她就可以皇太后的地位繼續掌權。
孝哲皇后為此大為悲痛，慈禧聽聞，將孝哲皇后痛罵了一頓：“你把我兒子害死了，還想做太后不成。”據説還用套在手指上的長而尖的金指甲套掃孝哲皇后的臉，颳得皇后臉上一道又一道的血痕。孝哲皇后又氣又悲傷，眼睛都哭腫了。
崇綺心疼女兒，將此情況向慈禧彙報，慈禧回了一句很冷的話：“既然這麼思念皇上，那就隨他去吧。”又有一版本説：孝哲皇后向父親崇綺訴苦，這位無奈的父親長歎之餘，只寫了一個字：“死”，既然屈辱地活着，不如光榮地死。而在當時，為先帝殉節是最光榮的死法，也算一種抗議。於是，孝哲皇后就“光榮”地殉夫了，年僅22歲。
同治死後，還有三位妃子留在慈禧身邊，專門從事女紅的工作。其中以瑜妃最有名，瑜妃很有政治遠見，主張實施西方的政治體制，同時還建議設立女童學校。
