皇太極做了汗王后，情況變得異常複雜，特別是在皇太極與代善、阿敏、莽古爾泰四大貝勒的關係上。按照八大貝勒共理國政的制度，皇太極登上汗位之後，與其他和碩貝勒之間並沒有君臣之別，在理論上講，他們的身份是平起平坐、平等共處的，在舉行朝會、各種集會和重大典禮時，四大貝勒並肩而坐，共同接受大家的叩拜。在元旦大典時，皇太極還要率領眾兄弟子侄向代善、阿敏、莽古爾泰三人行拜賀大禮。有證據顯示，相當長一段時間裏，在這種制度原則下，大體上維持了一種均衡的態勢。隨着形勢的發展，皇太極威權日重，最後，平衡終於被打破。
鏈條首先是在二貝勒阿敏身上被打斷的。事情發生在皇太極繼位為汗後的第四個年頭。
阿敏是皇太極的堂哥。努爾哈赤將弟弟舒爾哈齊殺死後，讓阿敏繼承其父親舒爾哈齊留下的大部分遺產。因此，阿敏死心塌地地追隨努爾哈赤東征西討，所立戰功頗多，一直是努爾哈赤最重要的戰將之一。大約屬於那種兇猛、不怕死，很能打仗，卻也十分粗野橫暴一流人物，在推舉皇太極為汗的問題上，他表現得很痛快。誰知，皇太極剛剛繼位不久，這位阿敏就要求皇太極同意他“出居外藩”，就是打算自己自成一國，皇太極斷然拒絕。由此，皇太極對阿敏心生不滿。(王先謙《東華錄》崇德四年八月)
皇太極第一次率軍襲擾北京時，可能有在反方向上打通山海關進軍之路的意圖，因此，攻克永平、灤州、遷安、遵化四城之後，便命留守瀋陽的阿敏率兵前去駐防。當時，皇太極安置了這些城市歸降的官民，並嚴厲約束諸王貝勒，不許對這些人加以侵害，以便在關內漢族地區擴大政治影響，違者將要從嚴治罪。
不料，阿敏根本不以為意。他一到永平，就對部下説：“既然已經拿下城池了，為什麼不屠其民？我既然到這兒了，就不會讓你們空手而歸。”當時，正值孫承宗率領明軍實施大反攻之際，這廝既不組織抵抗，也不支援友鄰部隊，而是下令屠城，將已經歸降的所有漢官與永平(即今天河北省盧龍縣)與遷安兩城百姓全部殺死，將所有財物擄掠一空，然後一溜煙跑回了瀋陽。
這場血流成河的屠殺，造成了嚴重的政治後果。此後，大淩河、錦州等地軍民寧願戰死、餓死也不投降，與此次屠城有直接關係。
皇太極收到明軍反攻的軍報後，立即派遣部隊緊急赴援。隨後，便傳來阿敏棄城逃歸的消息。皇太極大驚，勒令阿敏駐屯於城外十五里處，不許進入瀋陽城，並責問原因。
三天後，大明崇禎三年、後金天聰四年(公元1630年)六月七日，皇太極召集所有貝勒大臣，一口氣宣佈了阿敏十六條大罪。平心而論，阿敏這廝的確有他自己的取死之道，咎由自取的味道很重，並不值得同情。
永平屠城並棄守後，有資料説，該城之中血流有聲，這阿敏實屬罪該萬死。其他那些罪名，也顯然背離了推舉皇太極繼位時他本人親口立下的誓約。因此，細細考究起來，雖然不無慾加之罪的嫌疑，譬如，其中指斥阿敏輕視皇太極、有不軌之心的罪名達十一條之多，叫人無法完全心服口服，但畢竟還不是無中生有。皇太極讓大家集體討論處理辦法，眾人異口同聲，以為應該處死阿敏。最後，皇太極下令將其幽禁起來。(《清太宗實錄》卷七)
十年後，即大明崇禎十三年、大清崇德五年，阿敏在幽禁中死去。接下來，輪到了莽古爾泰。
三貝勒莽古爾泰是皇太極的五哥，在努爾哈赤的眾多子侄中，他能夠成為四大貝勒之一，顯然與他驍勇善戰且戰功赫赫有關。莽古爾泰很早就與皇太極並肩作戰，兩人之間的關係可能一度還很親密。二人反目是在阿敏被幽禁的第二年。
大明崇禎四年、後金天聰五年(公元1631年)八月十二日，皇太極率軍圍攻大淩河城，猛攻不下，傷亡甚眾。第二天，莽古爾泰找到皇太極，要求把隸屬他的旗下，如今被差遣出去的精兵歸還給他。皇太極説：“我聽説你的部下凡有差遣，總是違誤。”莽古爾泰説：“一有差遣，我的部眾總要比別人多一倍，什麼時候有過違誤？”皇太極惱火道：“果真如此，就是誣告，我會嚴加追究;如果揭發屬實，就要把違誤者繩之以法。”説完，皇太極紅頭漲臉地準備上馬離去。莽古爾泰急了，説：“皇上應該出以公心説明白，為什麼總是和我過不去？因為你是皇上，我一切都順着你，你卻這麼不知足！難道是想殺我嗎？”邊説邊握住腰間的刀柄，注視着皇太極。莽古爾泰的同母弟弟德格類見此情形，忙打了莽古爾泰一拳，並罵道：“你這是大逆不道呀。”莽古爾泰怒罵道：“蠢東西，竟敢打我！”説着，將佩刀拔出了半尺許，德格類連忙把他推到了一旁。回到營帳後，皇太極對諸貝勒將領痛罵道：“他不過是個弒母邀寵的傢伙，怎麼竟然輕視我到了這個地步？”隨後，痛斥那些御前侍衞：“養你們有什麼用？看他拔刀，你們為什麼不上前護衞？”(《清太宗實錄》卷十二)
大淩河戰役結束後，當年十月，眾貝勒議定，以莽古爾泰“御前露刃”的“大不敬罪”，革去其大貝勒爵位，降為多羅貝勒，罰款一萬兩白銀，奪五牛錄。莽古爾泰也在事後表示，當時喝酒喝多了，所以沒能控制住自己。第二年，莽古爾泰參與了征伐蒙古察哈爾部與攻掠大同、宣化的戰鬥，十二月，莫名其妙地死去。
史書記載説，皇太極參加了莽古爾泰的喪禮，直到後半夜才回來，然後，在中門設靈堂祭奠，大哭了一場。(《清史稿》列傳四，諸王三)三年後，莽古爾泰的弟弟德格類死後一個月，有人告發莽古爾泰兄妹三人合謀危害皇太極。抄家時，發現了十六塊刻着“大金國皇帝之印”字樣的牌印，遂削奪封爵，莽古爾泰的妹妹和一個兒子被處死，六個兒子降為庶人，所有人口財產抄沒入官。莽古爾泰所屬的正藍旗收歸皇太極自己統領。最後，形成了正黃、鑲黃、正藍的所謂上三旗。
現在，四大貝勒中，除了皇太極，只剩下了一個大貝勒代善。
皇太極繼承汗位時，代善推舉最力。當時，努爾哈赤一輩人已經基本過世，代善是年歲最長、行輩最高、資歷和戰功最顯赫的在世者，其聲望遠在阿敏、莽古爾泰之上，且性情寬柔得眾人心，是後金乃至大清決策層中的平衡器與穩定器。可能與母親佟佳氏和哥哥褚英的遭遇有關，代善表現得謙退平庸，沒有顯示出領袖羣倫的格局與魄力。我們無法斷言，代善究竟為什麼自動退出汗位競爭，轉而全力支持皇太極。有自知之明？為了六年前與大妃的曖昧傳聞？顧全大局？皇太極眾望所歸？我們不得而知。從代善一生行事品格推斷，也許是上述因素綜合發揮作用所致。
一般説來，皇太極和代善的關係還算不錯，團結多，鬥爭少，即便有鬥爭也從不涉及根本的利害關係，一旦觸及，代善立即謙讓後退並堅定支持皇太極。譬如，莽古爾泰和皇太極爭吵時，明明有可能是皇太極理虧，代善仍然氣恨恨地斥罵莽古爾泰：“如此悖亂，還不如死！”(王先謙《東華錄》，天聰五年十二月)並在後來主動提出不再與皇太極並肩而坐，使皇太極順利實現了“南面獨坐”。(《滿文老檔》，太宗天聰四十五)
天聰九年，多爾袞遠征察哈爾，獲得傳國玉璽，令後金人眾認為這是天命所歸，從而士氣大振。眾人仿效當年推舉皇太極繼承汗位的做法，紛紛立誓書擁戴皇太極上皇帝尊號。皇太極指示由於大貝勒年紀大了，可以免於立誓。代善不同意，主動要求並最後帶頭在眾人面前發下擁戴皇太極登帝位的重誓，表示，若像莽古爾泰、德格類那樣心懷不軌的話，將天地不容、遭殃而死。(《漢譯<滿文舊檔>》)就這樣，代善大體受到了皇太極的禮遇和尊重。不過，二人之間的一些摩擦也很有意思，頗為意味深長。在代善，會不時地做一些令皇太極不那麼舒服的事情，表明自己的存在;在皇太極，則隨着威權日重，也時不時對代善曉以利害，甚至絲毫不假以辭色。
二人之間最嚴重的衝突，發生在天聰九年，事情是由皇太極的姐姐引起的。
據皇太極説，他的這位姐姐哈達公主脾氣暴躁乖戾，且特別喜歡在背後進讒言搬弄是非，大約屬於悍婦加長舌婦一類人物。因此，可能從努爾哈赤時代起，姐弟二人關係就不好。這年九月，皇太極率領大家迎接多爾袞遠征察哈爾凱旋。在返回瀋陽的路上，哈達公主和皇太極發生不愉快，賭氣先走。路過代善的營帳時，代善叫他夫人把公主迎進帳，設盛宴款待，並贈送財帛禮物。皇太極知道後，震怒，除派人前去責問外，還不知會任何人，獨自返回瀋陽，並關閉宮門，不許任何人覲見。
數日後，皇太極召集所有貝勒大臣與侍衞，當面痛斥代善。他長篇大論，痛説家史，把數十年來和代善之間的恩恩怨怨一一傾訴。他憤怒責問代善：為什麼過去和哈達公主的關係並不好，如今看到哈達公主與自己鬧彆扭，就這樣對待哈達公主？居心何在？然後，又一一點名痛斥其他諸貝勒。最後，他憤怒地表示：你們悖亂如此！我將杜門而居，你們另外推舉一個強有力者為君吧。我安分守己過日子足矣。隨後，怒火萬丈地返回宮中，關閉宮門不再露面。
最後，心驚肉跳的諸貝勒大臣會同六部官員公審代善，擬定革大貝勒名號，削和碩貝勒職，奪十牛錄，罰雕鞍馬十匹，甲胄十副，銀萬兩，並擬定處罰他的兒子薩哈廉。然後，所有人等一齊來到朝門前，跪請皇太極出宮視政。
皇太極掙足了面子，遂下令寬免代善、薩哈廉，罰款了事。(《清太宗實錄》，天聰九年九月壬申)
有趣的是，這件事情過後不久，代善、薩哈廉就成為擁戴皇太極上皇帝尊號最為積極的人物。皇太極也在登上帝位之後，封代善為“和碩兄禮親王”，成為皇帝之下的第一親王。更加有趣的是，一年後，代善又做了一件更加意味深長的事兒。
皇太極即位後，曾經作出一項規定，限制諸王貝勒的侍衞人數。代善可能不太高興，有一天，他不帶侍衞，自己牽着馬，腋下夾着褥墊去見皇太極，顯然是故意做給皇太極看。後來，皇太極稱帝的第二年，代善違反規定，為自己多配備了十二名侍衞，並對有關部門負責人説，皇太極的護衞也超過了定額。這件事逼得皇太極當眾對證，最後，證實其侍衞人數不但沒有超額，反而還不夠定額。(《清太宗實錄》卷三十七)我們知道，皇太極前後執政十七年。這件小事的意味深長之處在於：在皇太極繼承汗位十年、登基做皇帝兩年之後，代善仍然敢於和他攀比，並不將他看成是可以為所欲為、至高無上的皇帝。
崇德四年底，皇太極攜眾人前往葉赫地區打獵。代善馬失前蹄，傷了腳。皇太極跳下馬，親自為他裹傷、給他敬酒，並且流着淚責備他：“大哥年紀大了，我再三勸你不要馳馬，大哥為什麼這麼不善自珍重？”隨即罷獵而還，並命代善坐轎緩行，一直護衞到家。(《清太宗實錄》卷四十九)
三年後，皇太極死。代善為防止內亂，擁戴皇太極六歲的兒子福臨繼位，並可能親自出面，斷送了自己策劃擁立多爾袞的一子一孫的性命。就這樣，他成了大清帝國前期最受人尊敬的安全閥，並在威望崇高、地位尊榮之中，平平安安地度過了一生。雖然他可能時時感受到不那麼令人愉快的深深的悒鬱。
從這些事蹟中可以看出，代善顯然不是一個庸懦無能的人。在他的行事中，甚至能夠令人部分地體味出，人口滿打滿算不到一百萬的女真人，怎麼就能夠取代大明，在人口上億的中華帝國，建立了最後一個王朝！
