在二次革命爆發後，陳炯明於7月18日宣佈廣東獨立;8月2日，孫中山便帶着胡漢民等人乘德國輪船“約克”號離開上海，準備前往廣東領導革命，但等孫中山一行人於8月3日抵達福建馬尾的時候，廣東形勢突變，陳炯明手下的將領發動兵變，局勢已經失去控制。在這種情況下，在香港的張繼、馬君武請日本駐港總領事致電福州領事館，讓福州領事告知孫中山廣東已無可為，讓他們採取應變措施。
日本駐福州領事找到孫中山後，將廣東的變故詳細告知，孫中山便表示願意前往日本，但日本領事稱日本政府對中國時局採取中立政策，是否接納孫中山避難尚不得知，於是他勸告孫中山前往台灣暫避。孫中山聽後，便於次日赴基隆。就當時的而言，日本軍部是同意孫中山來日本的，但外交上卻反對接納，這使得孫中山感到左右為難。這時，黃興突然從香港直接前往日本神户，並希望孫中山能與之會合。在這種情況下，孫中山便在給日本友人發電報後，也乘船前往神户。在孫中山航行期間，日本政界元老犬養毅和黑龍會領袖頭山滿向政界反覆交涉，終於妥善得將孫中山安全接到神户的一個別墅保護起來。當時宋嘉樹(即宋慶齡之父)也在神户的東方大旅館，隨即為孫中山展開對外聯絡。數日後，胡漢民和廖仲愷也來到神户與孫中山會合。
8月16日，孫中山、胡漢民等人離開神户前往東京，到後便住在頭山滿宅邸的隔壁——東京赤阪區靈南阪町27番地海妻豬男彥宅，直到一年後才搬到豐多摩郡千馱谷町大字原宿109番地。頭山滿是日本黑龍會的創始人，其人一生充滿傳奇色彩，他既支持日本對華侵略，又支持孫中山等人的革命活動，這次孫中山等人遭難，他認為是“窮鳥入懷，獵夫不殺”，孫中山也由此在東京呆了近3年的時間。
在日本定居後，黃興也趕到東京與孫中山會和，兩人重逢之時，相對無語，其心情之沉重，可想而知。在總結“二次革命”失敗原因時，這二位領袖產生了分歧併發生爭吵，孫中山認為“二次革命”的失敗原因是黨內組織渙散，黨人不聽指揮，缺乏嚴格的紀律，以至錯失良機。因此，孫中山認為，這次革命完全是敗於自己而不是袁世凱。
黃興對此不以為然，他認為“二次革命”是一場迫不得已的革命，完全是袁世凱一手造成的，而革命失敗的主要原因是敵我雙方力量過於懸殊。由此，黃興不同意孫中山立刻發動第三次革命的主張，而是提出要積蓄力量，以圖再舉。孫中山對黃興的消極態度很不滿意，隨後便在東京着手改組政黨的工作。孫中山認為，革命之所以遭受慘痛失敗，原因還在於黨內“革命成功、革命黨銷”的思潮，加上同盟會被改組為國民黨後，魚龍混雜，泥沙俱下，黨內紀律全無，幾如一盤散沙;要想打敗袁世凱，就必須將這個形同虛設的國民黨痛加改造，所謂之“毀黨造黨”，即將原國民黨重新改造成一個新黨，這就是歷史上所稱的“中華革命黨”。
事實上，中華革命黨還是倚靠當年同盟會的老底子，至於宋教仁組建國民黨時期合併而來的那些政治力量，當時已經名存實亡，也就乾脆剝離出去。另外，孫中山在建黨時提出，革命程序應分為“軍政、訓政、憲政”三個階段，這是孫中山首次提出這一成熟理論，這也為後來國民黨的施政提供了理論支持。中華革命黨最為人詬病的是孫中山説提倡的準極權體制，那就是黨內要無條件擁護黨魁(就是孫中山自己了)，黨中所有的高級幹部不由選舉產生，而是由黨魁直接指派;黨員也分成三個級別，即“首義黨員、協助黨員和普通黨員”;所有的黨員必須立下誓約，並加蓋指模(即按手印)，聲明“犧牲自己，服從孫先生，再舉革命”，並立誓如下：“一、實行宗旨;二、服從命令;三、盡忠職務;四、嚴守祕密;五、誓同生死”。誓約的最後還加了一句，“如有貳心，甘受極刑”(這就有點過分了，搞得跟黑幫入會一樣)。
對於這個誓約和儀式，很多老同志都表示不理解也不贊成，但孫中山認為革命失敗就是因為缺乏紀律導致，因而對此毫不相讓，絕不妥協。孫中山説，“第一、革命必須有唯一(崇高偉大)之領袖，然後才能提挈得起，如身使臂，臂使指，成為強有力之團體人格;第二、革命黨不能羣龍無首，或互爭雄長，必須在唯一領袖之下絕對服從;第三、孫先生代表是我，我是推翻專制，建立共和，首倡而實行者。如離開我而講共和，講民主，則是南轅而北其轍。忠心革命同志不應作‘服從個人’看法，一有此想，便是錯誤。我為貫徹革命目的，必須要求同志服從我(老實説，你們的見識有限，所以應該盲從我);第四、再舉革命，非我不行。同志要再舉革命，非服從我不行，這絕無退讓之餘地”。
至於按手印一事，孫中山同樣認為是天經地義，不容有絲毫的更改。據當時在一旁觀禮的革命老同志居正回憶説：“總理意志強毅，態度堅決，南山可移，此案不動”。事實上，即便是孫中山自己，也要宣誓立約，以示莊重(不過免了手印一節)。孫中山這樣赤裸裸的搞個人獨裁，不免令同盟會的一些元老級人物感到寒心。中華革命黨在1914年7月成立後，除了陳其美、戴季陶、張人傑、蔣介石、鄧鏗、林森等人按手印宣誓入黨外，其他有影響力的革命黨人如黃興、李烈鈞、柏文蔚、吳稚暉、蔡元培、鈕永建等人都紛紛拒絕參加。就連跟隨孫中山多年的汪精衞，也對此不以為然。他們在得知蓋手印一節後，或聞風遠逸，或罷工杯葛，最終使得中華革命黨並沒有在歷史上發揮什麼重大作用，除了開過一次成立大會，外加若干次失敗的小行動外，也就在“二次革命”後的民國政局中被基本邊緣化了。
