雍正的一生有兩大疑雲，一大疑雲是雍正繼位之謎，另一大疑雲便是其忽然駕崩之謎。
雍正十三年(1735)八月二十三日凌晨，雍正暴死於圓明園離宮，敬諡為“敬天昌運建中表正文武英明寬仁信毅睿聖大孝至誠憲皇帝”，廟號世宗。關於他的死，《雍正朝起居注冊》記載得非常簡要，在他死前幾天，雍正的辦公行事還十分正常，十八日與辦理少數民族事務的大臣議事，二十日召見寧古塔的幾位地方官員。
“八月二十一日，上不豫，仍辦事如常。二十二日，上不豫。子寶親王、和親王朝夕伺側。戌時(晚上7點至9點)，上疾大漸，召諸王、內大臣及大學士至寢宮，授受遺詔。二十三日子時(晚上11點至翌日凌晨1點)，龍馭上賓。大學士宣讀硃筆諭旨，着寶親王繼位。”
雍正的死非常倉促，《起居注冊》的記載似乎也有故弄玄虛之嫌，雍正多半死於二十二日晚，諸王大臣被緊急召入宮時，雍正有可能已經暴亡。被召入宮的大臣之一張廷玉在自己修訂的《年譜》中記錄了當夜的情況。
張廷玉是雍正的心腹，每日都進宮覲見，從八月二十日起，雍正已經出現了身體不適的情況，但還能照常辦公。二十二日晚，張廷玉剛剛就寢，就被緊急宣詔至圓明園，“始知上疾大漸，驚駭欲絕”。張廷玉每天都進宮面聖，二十二日當天也不例外，晚上突被召入宮，才知道雍正已處於彌留之際，雍正的病情非常突然，可能白天還沒有徵兆，所以張廷玉才會驚駭不已。
《年譜》記載的密旨不知所蹤一事，也透露出了當晚的詳情。雍正有鑑於康熙末年皇子爭位之事，訂立了祕密立儲制度，一道密旨藏於乾清宮“正大光明”匾額背後，另一道硃筆密旨則隨身攜帶，以備勘對之用。張廷玉記載道，當雍正去世後，諸王大臣們讓總管太監請出密旨，而總管太監卻説雍正未曾提及，他們不知密旨所在何處。還是張廷玉描述密旨的外觀“外用黃紙固封，背後寫一‘封’字者即是此旨”，總管太監才找尋取出。
可見雍正的死十分突然，連皇儲之事都沒有交代完全。
關於雍正之死，民間流傳了幾種説法：
第一種説法：呂四娘砍頭，金頭下葬
雍正時期有叫一件關於呂留良的文字獄案，後來雍正大發雷霆，呂留良遭到了嚴厲的懲處。但是傳説他的女兒呂四娘落網後私自逃跑，沒有被滅族。逃出去的呂四娘拜師學藝，練得一身好功夫後混進了皇宮裏面，為父報仇把雍正的頭砍下來。皇室以及大臣為了維護皇族臉面，則將這件事掩蓋了過去，下葬之日則已金頭代替。然而關於這個傳説的可信度，很多史學專家是否認的。
第二種説法：中丹毒而斃
《清帝外紀》載：“惟世宗之崩，相傳修煉餌丹所致，或出有因。”
雍正中期，痴迷於煉丹，他的死也是因為體內長年累月積累的丹毒突然爆發而至。據《活計檔》記載，就在雍正死前的十二天，有二百斤黑鉛運入圓明園。檔案記錄：八月初九日，總管太監陳久卿、首領太監王守貴一同傳話，圓明園二所用牛舌頭黑鉛二百斤。當天，這二百斤黑鉛便運入園子。黑鉛是煉丹常用原料，更是一種有毒金屬，過量服食可使人致死。八月初九日，二百斤黑鉛運入圓明園，十二天後雍正在園內暴亡。
雍正不單單自己吃丹藥，還派人送給他寵信那些大臣吃，雍正長期吃的丹藥可能含有汞，鉛，硒等重金屬，重金屬中毒而死是很有可能的。
第三種説法：中風而死
有學者考證雍正死的這麼突然是中風導致的。
雍正在位13年，不及其父在位61年，也比不上他兒子在位60年。但是雍正在位期間做的重大舉措是開創乾隆盛世的根基。後人都説“康乾盛世”，其實“康雍乾”盛世才對。
