十三世紀蒙古帝國跟吐蕃宗教國有屬主關係，十四世紀時，蒙古政權被逐出長城，吐蕃跟蒙古的聯繫也告斷絕。後來，不知道什麼原因，吐蕃的名字消滅，而被稱為烏斯藏。到了十七世紀，又不知道什麼原因，烏斯藏的名字也消滅，而改稱為土伯特。
土伯特則分為四區：
一、藏(後藏，今西藏西部)
二、衞(前藏，今西藏中部)
三、喀木(也簡稱康，今西藏東部及四川省最西部)
四、青海(青海湖及柴達木盆地，二十世紀二十年代改稱青海省)。
公元1644年清朝入關。在西藏五世達賴喇嘛阿旺洛桑嘉措，得到信奉格魯教派的新疆、青海蒙古和碩特部首領固始汗的支持。固始汗率蒙古軍從青海入藏，經過一系列作戰，並與五世達賴喇嘛屬下的人員一起謀劃，於公元1642年推翻了統治衞藏二十多年的日喀則噶瑪噶舉教派的藏巴汗政權，開始取得格魯派在藏區的優勢地位，在拉薩建立起“甘丹頗章”這一格魯教派的權威機構。此舉震動了全藏。當時，衞藏地區局勢動盪不定，噶瑪噶舉派的僧眾和藏巴汗政權的殘餘勢力仍在許多地方掀起叛亂，反對格魯派和甘丹頗章權力機構。
固始汗和甘丹頗章採取了鞏固政權的各項措施，除派兵鎮壓各地叛亂外，一是在拉薩與喇嘛人多勢眾的哲蚌、色拉兩寺緊密聯繫，二是動工重新修建宏偉的布達拉宮以示威懾，三是尋求新近入主中原的清廷作為靠山。清朝當時一方面還顧不上直接統治西藏這類邊遠地區，一方面又需應付尚未很好歸附的蒙古各部的威脅。決定拉攏五世達賴喇嘛和固始汗，使之歸附朝廷，於是順治皇帝邀請五世達賴喇嘛赴京。公元1652年(順治九年)，五世達賴喇嘛經過長途跋涉，於年底到達北京，順治皇帝對五世達賴喇嘛進行正式冊封，
頒賜金冊金印。此後，歷世達賴喇嘛都必須經過中央政府冊封，成為一項制度。
五世達賴喇嘛取得清帝的上述重大支持，特別是受到正式冊封，返藏以後，使格魯教派的統治地位和甘丹頗章機構的權力大大加強，達賴在全藏也更有號召力。
公元1661年，順治皇帝逝世，康熙皇帝即位，仍然大力支持達賴、班禪兩喇嘛為首的格魯教派，每年均派人到西藏看望達賴喇嘛，朝廷與西藏地方的關係不變。
1682年，達賴五世逝世，最高執政官桑結祕不發喪，仍用達賴的名義，為自己向中國請求封號，清政府不知道內情，就加封桑結為土伯特國王。桑結跟當時準噶爾汗國的噶爾丹可汗，祕密結盟。噶爾丹對庫倫(蒙古烏蘭巴托)活佛的指責和對外蒙古的攻擊，都是桑結出的主意。
直到一六九七年，噶爾丹自殺，清廷才知道一直是桑結從中搗鬼，向桑結責問達賴何在，並暗示要派遣軍隊去勘察達賴的生死。
桑結國王才恐慌起來，急急忙忙找了一位名札陽嘉穆磋的十五歲靈童(這時候達賴五世已死了十五年，所以這個達賴六世必須十五歲，表示他已轉生十五年)，宣稱他就是化身，舉行坐牀大典。桑結向清政府報告説，他祕不發喪的目的只不過為了安定民心。清政府知道他在胡説八道，但沒有追究。
當時西藏的政治形態是：三巨頭並立。土伯特國王桑結主持行政，喇嘛教主達賴六世主持宗教，和碩特汗國王子拉藏汗(固始汗的曾孫)主持軍事。
