蒙古國對華北的統治方式，是草原貴族原有的統治體系，在它所征服的定居農耕地區的延續。漢地户口的一部分直接領屬於大汗，一部分被大汗分封給諸王、宗戚和勛臣。蒙古統治者把主持軍事、財賦征斂的部分官員和監臨各級地區的達魯花赤派到華北，同時又以款服入質、領軍從徵、繳納差發為條件，允許自金末戰亂以來出現在北方的大小軍閥世侯，繼續行使在各自勢力範圍內的實際統治權。世侯們集兵刑賦役之政於一己，不相統屬。直到忽必烈建立元朝，這種局面才獲得根本轉變。他借鑑金代制度，在以“藩邸舊臣”為核心的中原知識分子參議下推行“漢法”，同時保留能充分保障蒙古貴族特權地位的種種制度，重新在華北確立了封建的中央集權制統治體系以及相應的各種典章制度。中統、至元間的創置，奠定了有元一代制度。元朝制度多沿襲金制，同時又有不少前代所不具備的特點。其中有的反映了中原王朝歷代相承的傳統體制本身的發展變化，如行省的設立；有的反映了被保留的蒙古舊制，如蒙古、探馬赤軍中的奧魯（老小營）建置；也有一些是在這兩者的交互作用下形成的，如刑罰體系中某些不同於前代的變化，對吐蕃地區實行的政教合一的統治等。
行中書省
元朝地方最高行政機構，併為一級政區名稱。簡稱行省，或只稱省。元置中書省總理全國政務，也稱都省；因大元幅員遼闊，除腹裏地區直隸於中書省、西藏地區由宣政院管轄外，又於諸路重要都會設立十個行中書省，以分管各地區。在世祖、武宗朝三次短期設立尚書省主管政務期間，行中書省也相應改稱行尚書省。元人稱其製為：“都省握天下之機，十省分天下之治。”
除河北、山東、山西由中書省吐蕃地區由宣政院管轄。元帝國在地方設置行中書省。元代“行中書省”的性質，有一個轉變的過程。早期是作為中央政府的派出機構，帶中書省的職銜，在外行使“省”的職能。滅南宋之後，行省逐漸轉變成了一級地方行政組織，其首長也不再帶中書省的官銜。
行省下有道、路、府、州、縣、基層行政設施。
行政建置
蒙古人建立的元帝國在消滅南宋前，忽必烈為了方便管治中土，就已在中土開始行漢法，將中國的大都作為首都，建立了一套以傳統中央集權作藍本的政治體制，例如設立了中書省和司農司等一系列專司機構，使用漢人的統治機構來統治人民，並在朝中任用了大批儒臣，包括劉秉忠、姚樞、許衡等。首都大都就是在劉秉忠等人的規劃下建成的。此外，大元還建立了儒户這個户籍來保護和優待讀書人。後來，又恢復了科舉制度（不過名額很有限），尊崇孔子。理學是元代科舉的標準。從整個政權來説，元代並沒有統一的“官方思想”，一般來説，蒙古統治者更多地信奉草原的薩滿教與佛教（特別是藏傳佛教）。
元世祖中統元年（1260年），遵用漢法，立中書省總領全國政務，始置丞相及平章政事、左丞、右丞、參知政事等宰執官。其後，相繼於各大地區建立行中書省。初期，仍沿用前代制度，以中書省宰執官出領各行省，稱行某處中書省事。以後此類行省實際上已成為常設的地方行政機構，與前代所置臨時性的分遣機構不同，行省官若仍以中書省宰相行省事系銜，就與中書省的權限沒有區別，嫌於外重，遂更定官制，只稱某處行省某官，不再帶中書省宰相職銜。至元二十三年（1286年），銓定省、台、院、部官，罷各行省所設丞相，只置平章政事為最高長官，以與都省相區別。後來，部分地大事繁的行省許設丞相。延祐七年（1320年），復罷各行省丞相，已置者皆降為平章政事。葉順鐵木耳（1324～1328）以後，某些行省又設丞相，視需要及任職者的地位而定。各行省一般置平章政事兩員（從一品），右丞、左丞各一員（正二品），參知政事兩員（從二品），其品秩與都省官同；左司、右司合為一，置郎中、員外郎、都事，品秩皆低於都省。元末，有些行省還增置“添設”平章、右丞、左丞、參政等官。行省掌管轄境內的錢糧、兵甲、屯種、漕運及其他軍國重事，統領路、府、州、縣；距離省治遠的地方，另設宣慰司統之，作為行省的派出機構。
然而，其“漢法”施行得並不徹底。由於元帝國的覆蓋面積較廣，除中原地區外還包括許多其它地方，不少中亞汗國君主以及蒙古王室成員都不滿忽必烈行漢法的舉動，忽必烈晚年也漸與儒臣疏遠，因此漢法並未成為一套完整的體系。
法律
元代始終沒有頒佈完備的法典。至元八年（1271年）以前，中原漢地斷理獄訟，基本上參用金泰和律定罪，再按一定的折代關係量刑。至元八年十一月，在建“大元”國號同時，下令禁用泰和律。以後曾數次修律，都沒有完成。判獄量刑，主要根據已斷案例，類推解釋，比附定刑，與其他封建王朝相比，司法的隨意性較顯著。其他方面的立法行政，也都以詔制、條格（經皇帝親自裁定或直接由中書省等中央機關頒發給下屬部門的各式政令）為依據。因此，元朝的法制體系，主要是由因時立制、臨事制宜而陸續頒發的各種單行法構成的。政府下令，凡在朝及地方各衙門均應分別類編先後頒發的各種格例，使官吏有所持循。
當時“內而省部，外而郡府，抄寫條格，至數十冊。遇事有難決，則檢尋舊例，或中所無載，則施行比擬”。條格和斷例歲增月積，繁雜重出，互相牴牾。元政府有時將歷年所頒降的某一方面的條例重加“分揀”、“斟酌”，釐定“等第”，形成新的法律文字，作為“通例”公佈。同時，對國家的政制法程，也幾次召集老臣，從以往頒發的政府文書中選出“可著為令者，類集折衷，以示所司”，所成《大元通制》、《至正條格》等格律類聚都是具有法典性質的政書（見《通制條格》）。
元朝法律大體上遵循前代“同類自相犯者，各從本俗法”的原則。“五刑”的刑罰體系與前代相比發生了某些變化。同時，由殺人者向被害者家屬償付燒埋銀，以及將刺字斷放的前科罪人發付原籍，由官司籍記充“警跡人”，交由村坊鄰右監督等規定，從元代開始制度化。對傷害罪，規定由加害者交付給受害者一定數量的“贍養之資”、“醫藥之資”，對加害者所處的實刑則比前代相應減輕。元代法律從維護蒙古貴族和地主階級利益出發，制定了種種不平等規定，有些蒙古法，如對偷盜牲畜處以賠九之罰、倍贓制，屠宰牲口時禁抹喉放血等，對施臨於漢族居民的刑罰體系也有一定的影響。
等級制度
在封建制度裏，貴族處於最高統治地位，當蒙古人侵佔其他國家建立政權後，就出現了包括蒙古貴族在內的多個民族貴族並立的情況，這產生了帝國該由誰統治的問題。元朝為維護蒙古貴族的專制統治權，採用“民分四等”的政策，把中國人分為四等：一等蒙古人，二等色目人，三等漢人，四等南人。這一政策維護蒙古貴族的特權。
早在大蒙古國時期，成吉思汗攻佔中原後有位大臣提出將當地漢人驅趕後把中原變成蒙古人的大牧場。但成吉思汗的謀士契丹人耶律楚材以可以向漢人徵收大量税收為由反對這個計劃，該提案沒有實施。
元朝存在等級歧視制度。一種常見的説法是將臣民分為四等，即蒙古人、色目人、漢人、南人。這種劃分反映在一系列不平等的政策和規定中。比如禁止漢人打獵、學習拳擊武術、持有兵器（例如數家才可共用一把菜刀）、集會拜神、趕集趕場作買賣、夜間走路。“殺蒙古人的償命，殺色目人的罰黃金四十巴里失，而殺死一個漢人，只要繳一頭毛驢的價錢。漢人如當兵則不許充宿衞，如當官也往往只能做副貳（雖然實際上存在很多例外情況）。這些法律規範對於漢人均不平等。
遇到征伐戰爭，差別待遇較平時更甚。像1286年，為了進攻安南，徵用全國馬匹，色目人三匹馬中只徵兩匹；而漢人的馬，無論多少，全部徵收。以後不斷征馬，每次如此，漢人的馬就成為珍品。
甲主”以上的地方政府首長，全由蒙古人擔任。當蒙古人不夠分配，或中亞人賄賂夠多時，則由中亞人擔任。蒙古官員大多數是世襲的，每一個蒙古首長，如州長、縣長，他所管轄的一州或一縣，就是他的封建采邑，漢人則是他的農奴，他們對漢人沒有政治責任，更沒有法律責任。但實際上對於許多豪強是不適用的。雖然法令禁止漢人持有兵器，但大興史氏、易州張氏、真定董氏等待遇和蒙古貴族相差無幾。相反許多蒙古貧民生活卻很困苦，到了元朝中葉，常有大批蒙古貧民在大都、通州等地被販賣，色目人也有不少淪為奴僕的。實際還是地主階級政權。
蒙古大汗可以隨時把漢人視如生命的農田，連同農田上的漢人，像奴隸一樣賞賜給皇親國戚——親王公主或功臣之類。南宋滅亡後所舉行的一次賞賜中，少者賞賜數十户數百户，多者竟賞賜十萬户。每户以五口計，一次就得到五十萬個農奴。漢人忽然間失去了祖宗傳留下來的農田，也忽然從自由農民淪為農奴，沒有地方可以申訴。蒙古人，都可以隨意侵佔農田，他們經常突然間把漢人從肥沃的農田上逐走，任憑農田荒蕪，生出野草，以便畜牧。
