胚胎染色體異常是自然流產最常見的原因，據國內外文獻報道，在早期自然流產中，46-54％與胚胎染色體異常有關，並且流產發生的時間越早，胚胎染色體異常的頻率越高，複發率越低。相反，自然流產發生的時間越晚，胚胎染色體異常的機率較低。
當然，中、晚期自然流產中也會有一部分染色體異常：如21-3體綜合徵，需要在孕16-20周做羊水穿刺、產前診斷才能確診。
有人認為胚胎染色體異常可能與孕婦年齡有關，但是已有研究表明，除了21三體與母體年齡較大有關外，其他三體與母親年齡無關。
除了孕婦年齡，胚胎染色體異常跟環境的影響關係密切。環境中的致畸胎因素，如放射線、病毒、環境污染、某些藥物等。對於自然流產的病人，通常會詢問相關的工作或生活環境中有無可疑的致畸因素，比如接觸較多農藥的農民，藥廠車間工作的女性，工作環境中有高壓電纜輻射，或者其他因素。一般相同環境下的人羣自然流產機率相對偏高。
但總體來説，突發、偶發因素導致的胚胎染色體異常更常見，所以儘管避開一切不利因素，也仍有自然流產的可能。
曾經有一對夫婦因自然流產來就診，沒有檢查出任何問題，再次懷孕還是流產了。再次妊娠時，兩人痛下決心，不工作了，直接回農村老家山清水秀的地方保胎去了，現在可能孩子已經出生了吧。環境污染是我們每個人都痛心的惡疾，對人體的危害可能不僅止於某處吧。可我們能做的就很少了。
