對於大多數多囊卵巢綜合症的病人來説，月經不正常是引起她們注意的首要原因，再大意的媽媽或者成年的女孩都會想到，不正常的月經會不會影響將來的懷孕能力。
評價月經不規律的主要指標是月經週期，從月經的第一天至下次月經的第一天的間隔時間就是一次月經週期的時間，一個正常排卵月經週期是28－30天。排卵時間在月經週期的第14天左右。月經週期少於24天或大於35天一般都認為是異常的無排卵的月經。
當然也不是説所有的30天的月經週期就意味着一定有排卵，有很少一部分特殊的週期是沒有排卵，只是按時內膜脱落出血，內分泌檢查和內膜病理可以幫助確認有沒有排卵。
最常見的PCOS月經失常的類型是稀發排卵，月經週期延長超過35天，更常見的是2－3個月或以上的週期，只要每年排卵少於8次（包括8次），且月經週期超過35天就可以稱之為稀發排卵，是診斷多囊卵巢綜合症的三大症狀之一。
次之為無排卵：無月經來潮超過6個月。
稀發排卵的病人的治療按病人要求而定，有些是無需治療的。但月經週期3個月以上或無排卵的病人，尤其是青春期女孩還是需要積極治療，因為長期在低雌激素狀態下，子宮發育不良或萎縮會影響將來的妊娠。
再一種較為常見的類型為功能性子宮出血，即不規則或不可預知的出血，週期不定，經期出血時間長，持續不斷，有些月經量大，時間長會引起貧血。這種類型的月經失調是需要積極治療的。
