蜂蜜儲存宜放在低溫避光處、乾燥、清潔、通風、溫度保持在5～10℃、空氣溼度不超過75%的環境中。乾燥、潔淨、通風的環境裡是防止蜂蜜被串味汙染或者處於微生物較多的環境中。因為蜂蜜中含有水分，過度的暴晒，會導致蜂蜜中的部分活性酶和營養物質等都會隨著溫度和水分發生變質。光照過強會破壞蜂蜜裡的維生素B群，維生素在強的光照下會滅活，導致營養成分流失。
蜂蜜需要密封儲存，應採用非金屬容器,如缸、木捅、無毒塑料桶等進行貯藏，貯藏時要注意蜂蜜在容器中不能過滿，容器頂部要留出空隙。蜂蜜具有從空氣中吸收水分的能力，蜂蜜吸收過多的水分會使濃度下降，易引起發酵變質。因此，貯存蜂蜜蓋嚴，防止漏氣，減少與空氣接觸，這樣能使蜂蜜儲存長久。裝蜜量以容器的80%為宜。每次取食蜂蜜後，要將容器蓋好，以防汙染。
