1、原料區別：普通菜籽油中都是含有芥酸這種成分的，含量一般在20%到60%，而低芥酸菜籽油以低芥酸菜籽為原料，其芥酸含量不超過3%，含量遠低於普通菜籽油。
2、油酸含量區別：低芥酸菜籽油的油酸含量一般在50%-66%左右，而一般菜籽油的油酸含量僅有10%-35%。
3、香味區別：低芥酸菜籽油的香味一般比較香濃，菜籽香氣濃郁突出，持久，而一般菜籽油的香味則比較寡淡、不持久。
4、口感區別：低芥酸菜籽油烹飪的菜品一般香濃可口，除了能突出菜品原味以外還能很好的增加香味，增強食慾，而一般菜籽油烹飪的菜品雖然也鮮香好吃，但香味不如低芥酸菜籽油香濃。
5、顏色不同：普通菜籽油的顏色比較深，大多是深黃色或是褐色，而低芥酸菜籽油顏色淡一些，為淺黃色。
6、價格不同：低芥酸菜籽油製作工序比較繁瑣，需要脱去遊離脂肪酸等，成本比較高，它的價格也會比普通菜籽油稍高一些。
