在PE中設置主引導分區的方法如下：
1、打開PE系統，進入BIOS設置界面，找到“Boot”選項，將其設置為“Legacy”或“UEFI”模式。
2、進入PE系統後，打開“磁盤管理”工具，選擇要設置為主引導分區的硬盤，右鍵選擇“更改驅動器號和路徑”。
3、在“更改驅動器號和路徑”對話框中，將“主引導設備”設置為“是”，並將“主引導文件”設置為“EFI”或“BOOTMGR”（根據您的BIOS設置選擇）。
4、保存更改後，關閉“磁盤管理”工具，重新啟動計算機，進入Windows安裝程序。
5、在Windows安裝程序中，選擇“自定義（高級）安裝”，並在“安裝類型”中選擇“USB安裝”。
6、將Windows安裝盤插入計算機，並在PE系統中選擇“USB安裝”。
7、在Windows安裝程序中，選擇“自定義（高級）安裝”，並在“安裝類型”中選擇“USB安裝”。
8、在“USB安裝”嚮導中，選擇“UEFI”或“Legacy”啟動模式，並按照提示進行安裝。
9、安裝完成後，重啟計算機，進入Windows系統，此時您的硬盤應該被設置為主引導分區，可以正常引導Windows系統。
