關於段祺瑞在"三一八"慘案中的表現，一直流傳着兩種説法。一種説慘案發生之後，段祺瑞很快就趕到了現場，面對死者長跪不起，還有一種説他終生食素以示懺悔。其實這兩種説法都與事實不符。
首先，段祺瑞在直奉大戰後下野，從那時起，他生活上的一個顯著變化，就是開始每日吃齋唸佛。在他看來，這是對過去自己作為軍人，動刀子指揮殺人的一種反省，一直到死，他的這種習慣始終沒有改變，但與"三一八"慘案卻無直接關係。
再來回顧一下慘案當時的發生情景：執政府衞隊旅參謀長楚溪春正在吉兆衚衕等待遊行隊伍的到來。從時間上看早該來了，但還遲遲沒有露面，他正想通過電話向執政府方面進行詢問，就聽到西方傳來了槍響。
聽到槍聲，楚溪春的心猛地一沉，意識到那邊一定出了事故，於是還沒來得及搖電話，就乘着汽車直奔執政府而去。
當楚溪春驅車趕到東四牌樓十條中間時，看到很多學生拿着小旗迎面跑來，神情都非常慌亂，其中有丟了鞋帽的，有滿臉沾滿泥土的，還有人大聲喊叫：“真厲害呀！真厲害呀！”
因為太過擁擠，汽車沒法再往前開，楚溪春便下車步行。出了十條西口，就到了執政府大門前，只見有十幾個學生已經倒在了血泊中。衞隊旅的士兵打紅了眼，還在端着槍四處搜尋。楚溪春當即吹響口哨，命令士兵趕快回到自己營房集合。
隨後，楚溪春的上司李鳴鐘也坐着汽車趕到了。李鳴鐘驚慌失措地對楚溪春説：“晴波（楚溪春的字），打死這些學生，叫我怎麼辦，叫我怎麼辦？”楚溪春無奈回答：“已經到了這個地步，我們只好報告段執政吧！”
段祺瑞當時對衞隊旅無實際指揮權限，亦不在事發現場（在吉兆衚衕），槍殺學生的命令也不是他下的。在楚溪春返回吉兆衚衕之前，他已得到消息，並派侄子段宏綱探視了現場。得知學生傷亡慘重，段祺瑞甚為傷感。在聽李鳴鐘、楚溪春分別報告情況後，他對李鳴鐘説，因為你們處理防備不周，才發生了這樣不幸的慘劇，望李司令同楚參謀長今後要特別當心，萬不可再發生任何事故。
不過在楚溪春後來的描述中，卻提到段祺瑞正在家裏和吳清源下棋，而且他還聲色俱厲地對李鳴鐘大聲説：“你能維持北京的治安不成？如果不能，我能撤換你，我能槍斃你！”又讓楚溪春轉告衞隊士兵，説自己不但不會懲罰他們，還要賞他們，“這一羣土匪學生……”云云。
實際上，吳清源早在前一年夏天就去了日本，和段祺瑞在北京下棋的可能性為零。“聲色俱厲”也不可能，那個時候正是段最弱勢的時候，李鳴鐘直接代表馮玉祥一方，他哪有那麼大的威風訓斥對方？同樣的，儘管段祺瑞始終反對學生遊行，可是無論從他每日吃齋唸佛，時時反省早年殺生行為的舉止，還是由一個成熟政治家對後果的本能預判上，他都不會對楚溪春説出那些不近情理的狠話。
段宏綱彼時就在段祺瑞身旁，他對此進行了堅決否認，認為完全與事實不符，而從楚溪春的立場分析，之所以要這麼説，不外乎是想推託自己在此案中的責任。
慘案發生後，執政府司法部、高等法院、陸軍部組成聯合機構，對該案進行會審。由於段祺瑞、賈德耀均未下達過開槍命令，被認為無直接責任，法官便召楚溪春到庭作證。
楚溪春為了讓自己和部下不負罪責，出庭前專門開會讓眾人蒐集遊行學生的“罪證”。比如找來幾支舊手槍，就説是學生們的兇器，找來幾把條帚和幾個煤油桶，則説是學生要拿來火燒執政府。
唯一真實的物證是一大捆學生們用的旗子，因為旗上寫着中共北方執行委員會的字樣，另外執政府南面樓上的玻璃窗上還有一個被子彈打穿的圓孔。
圓孔確實是當場被子彈打穿的，不過不一定是學生打的，而極可能是衞隊士兵開槍時打偏了。當時正好衞隊旅也有一個衞兵被子彈打死了，雖然楚溪春自己都弄不清這廝是怎麼死的，有人猜測極可能是混亂中死於同伴的流彈，但他就索性以此作為證據，指證是學生先開槍，衞隊旅乃被迫自衞。
法官聽取證詞後便以此結案，衞隊旅官兵從上至下均未受到處分。到最後，受影響最大的還是段祺瑞及其執政府，他們受到了全國的一致聲討，知識界、教育界更是同仇敵愾，紛紛予以譴責。魯迅連寫多篇雜文進行聲討，《紀念劉和珍君》即是其中之一。在這些雜文中，魯迅稱慘案發生當天是“民國以來最黑暗的一天”，執政府“殘虐險狠的行為，不但在禽獸中所未曾見，便是在人類中也極少有的”。
在從政的幾十年前，段祺瑞的社會聲譽不是沒有經歷過如同過山車一般的起伏跌宕，他曾因“三造共和”而到達頂峯，又因“親日”和對日借款不斷受損，其間也是曲曲折折，既有下落，也有回調。
“三一八慘案”厲害就厲害在，它是直接一錘子將段祺瑞砸落谷底，老段的政治聲望和資源也幾乎全部都被砸碎了。
