孫中山力主首都設武昌
首都，是一國的政治中心，中央政府的所在地。從中國的歷史看，歷朝歷代關於都城的選擇，多是人口密集、經濟發達、位置適中、交通便捷，而且地勢險要之地。統治者對都城的選擇均十分慎重，主要是從有利於鞏固統治和經濟發展的角度去考慮。
早在1887年，孫中山就對中國首都的選擇有過縝密的考慮，他曾主張“一都四京”，一都即武漢，四京即西京(重慶)、東京(江寧)、南京(廣州)、北京(順天)。①首都的第一選擇，還是武昌。1902年，孫中山在與章太炎的一次談話中強調説，“金陵猶不可宅”，並詳細述及首都設置的問題。他説，武昌揚靈於大江，東趨寶山，四日而極，足以轉輸矣……北望襄樊以鎮撫河雄，鐵道既布，而行理及於長城，其斥侯至窮朔者，金陵之絀，武昌之贏也。②孫中山曾説，“謀本部則武昌，謀藩服則西安，謀大洲則伊犁……”③總的看，孫中山最囑意的首都是武昌。
武昌起義後，各省紛紛響應，建立一個統一的臨時政府已是迫在眉睫。由於武昌地處中原腹地，乃九省通衢，是辛亥革命諸次起義中第一個在省會城市取得成功的地方，況且又是孫中山的一貫主張，因此，將首都設在武昌是順理成章的事，多數省份都主張將中華民國臨時政府的首都設在武昌，只有貴州軍政府提議設在廣州。已獨立的各省代表到武昌後，確定在臨時政府成立前，由湖北軍政府代行中央政府職權，很明顯，這事實上是把中央政府定在了武昌。但其時清朝大軍屯兵江北，虎視江南，漢陽已經失守，武昌極度吃緊，湖北軍事形勢極為嚴峻。但就在此時，傳來了江浙聯軍於12月2 日攻克東南重鎮南京的消息。於是，各省代表精神為之一振，於4日在武昌立即開會作出決定，將臨時政府設在南京，同時決定各省代表會議也遷至南京召開。於是，南京就成為中華民國的第一個首都。12 月25日孫中山從國外回來時，首都設在南京已成定局。
首都設南京被參議院否決
1912 年2 月清帝退位、孫中山辭職後，首都問題再次成為南北方爭論的焦點。
在特定的政治軍事背景下，孫中山不再堅持首都設在武昌，而堅定地支持首都設在南京的主張。其目的在於將袁世凱調出封建專制勢力強大的老巢北京，在南京可以將其控制在革命力量的監督和掌握之下。1912年2 月13日孫中山向臨時參議院提出辭職諮文，但附有三個條件，第一條就是“臨時政府設於南京，這是各省代表會所議定，不能更改”，並強調“新總統親到南京受任之時，大總統及國務各員乃行辭職……”④但就在同一天，章太炎則宣佈了《致南京參議院論建都書》，提出建都北京的主張。同盟會的骨幹分子宋教仁等人，也附和袁世凱，與孫中山唱起了反調，也主張定都北京。臨時政府的實業總長張謇則在定都問題上與袁世凱暗通聲氣。
但最令孫中山痛心的是，南京臨時政府內部也發出了不協調的聲音，甚至與孫中山的主張截然相反。除了宋教仁和章太炎等人外，江蘇代理都督莊藴寬曾應同盟會機關報《民立報》的要求，通電全國，反對定都南京。安徽都督孫毓筠以及順直諮議局等省份、機構也紛紛通電響應。一批長期跟隨孫中山的革命黨人，這時也紛紛“倒戈”，如柏文蔚、朱瑞、姚雨平、洪承典等著名將領，竟聯名通電要求定都北京，與袁世凱一唱一和。
但陸軍總長黃興始終是堅定地站在孫中山的一邊。他在《民立報》上發表公開信，嚴厲駁斥了定都北京的論調。由於南京江浙聯軍參謀團主張定都北京，黃興下令陸軍部立即解散了參謀團。2月14 日，臨時參議院召集會議，專門審議定都一事。會議用投票表決的辦法，以決定首都設在何處。表決結果，竟有20 票主張定都北京，5 票主張設南京，2票主張設武昌，1票主張設天津。會上，同盟會會員李肇甫大放厥詞，説當時臨時政府主張首都設在南京，是由於大江以北尚在清軍的統治下，現在南北已經統一，首都的地點自應設在北京為宜。還有不少議員對袁世凱不願南下表示同情。
到會的大總統孫中山立即站了起來，對決議中“首都設北京”這一條提出了強烈的反對意見，並以臨時大總統的名義，向參議院依法提出複議這一表決結果。此時，參議院議長林森發言説，由於大總統的異議，本院決定將在次日進行復議。
參議院複議 首都仍設南京
孫中山本以為，在參議院中，革命黨人佔了絕對多數，通過定都南京的決議不會有問題，沒想到結果竟會是這樣。這使孫中山極為惱火。當晚，即與黃興等人一道把同盟會員李肇甫叫來予以痛斥，並限定必須在第二天覆議時更改過來。孫中山並決定以黨的名義連夜通知黨人議員，必須按照黨的最高領導總理的意願進行投票。孫中山一面派人做議員的疏通工作，同時親自出馬，向各界宣傳定都之説。黃興怒道：“明日如再不按孫先生意願行事，我立即派憲兵將議員綁了出來。”
15日清晨，總統府祕書處祕書吳玉章將孫大總統親自擬就的複議諮文，準備加蓋總統大印送往參議院。而此時孫中山已率軍政要員赴南京東郊的明孝陵謁陵、舉行南北統一大典去了。黃興還沒動身，正在穿軍服。他厲聲對吳玉章説：“我馬上去東郊明孝陵，過了正午12時，參議院再不改過來，我立即調兵衝入參院強行通過。”吳玉章連説：“務請總長再延緩一下，我儘速辦理”。
總統府祕書長鬍漢民也知道事情緊迫，故託病未去孝陵。他想，一旦上午不能表決或再次通不過，陸軍勢必衝進參議院，豈不釀成大禍！當他與吳玉章見面後，立即拿來孫中山辦公室抽屜的鑰匙，取出了大印蓋上了諮文。而此時，參議院的同盟會議員們都在焦急地等待複議諮文的到來，以付諸表決。幸好諮文及時送到，立即進行了表決。表決的結果起了根本性的變化，在出席的27名參議員中，有19 人投票定都南京，6票主張定都北京，2票主張定都武昌。最後，參議院通過決議，仍以南京為民國首都所在地，糾正了前次決議。胡漢民這才如釋重負。
中午時分，孫中山、黃興諸人謁陵後返回總統府時，參議院已來人報告，首都設南京的複議案已獲通過。
孫中山讓步 袁世凱得逞
袁世凱一直不願接受首都設在南京的決議，以種種卑劣的手段加以抵制。袁系及親袁勢力則發動輿論造勢，要求首都設在北京。早在2 月11日，袁世凱在致南京臨時政府的電報中，就一再表示“不能南下”。2 月15日的當天，袁世凱即致電孫中山表示難以接受南下的要求，竟以“退歸田園”這一以退為進的方法要挾。2 月21日，中華民國聯合會、民社、國民協會、《民立報》、《神州日報》、《時報》、《時勢新報》、《大共和日報》等八個社團，聯名致電江蘇都督莊藴寬，並要求他轉黎元洪、各省都督、諮議局，認為臨時參議院通過定都南京，是“立法為行政所侵，不能保其獨立，民國開此惡例，尤為寒心……”⑤同一天，臨時政府派出蔡元培、汪精衞、魏宸組、宋教仁等為代表的迎袁南下就職專使團赴北京。袁世凱公開表示願赴南京就職，並對專使團成員極其謙恭。
但就在29日晚，北京東城、前門一帶突然槍聲大作，火光沖天。原來是駐北京的曹錕北洋第三鎮在代表們下榻的旅館附近，以及北京各處製造了所謂的兵變。變兵甚至持槍進入專使團的駐地，嚇得專使們紛紛倉皇出走。第二天，“兵變”很快又蔓延至保定、天津等地。3月1日，袁世凱和蔡元培分別致電孫中山，告知了京津保“兵變”詳情。孫中山接電後，立即召開內閣會議，決定派兵北上平亂。但袁世凱又於4日致電孫中山，稱“北方局勢已定，無庸遠勞師旅，祈即停止出發……”蔡元培也致電孫中山，“京津各處漸平靖……不宜亟亟出發……”並稱“外交團不以運兵為然”⑥等等。京津保兵變後，北方各地商會、諮議局、團體、報館紛紛上書、通電，反對袁世凱南下就職。段祺瑞等軍界人士更是發通電、印傳單，措辭強硬地要求“臨時政府必應設於北京，大總統受任必暫難離京一步……”
而袁世凱還假惺惺地表示，擬由黎元洪代其赴南京就職。同時，英美法德日俄等國紛紛向天津派兵。此時，南京臨時政府迎袁專使團的蔡元培等人致電孫中山，徹底改變了要袁世凱南下就職的初衷，反而替袁辯解。同時，為了對南京有個交待，蔡元培等人還向孫中山及臨時政府提出袁世凱接管權力的具體辦法，即袁世凱在北京舉行就職典禮，而與南京、武昌方面商定內閣總理及總長，並由總理在南京組成統一的政府，與南京臨時政府辦理政權的交接等等。而在南方，臨時政府內部仍有人繼續發表在北京定都的論調。為此，黃興特發出《為主張建都南京駁莊藴寬等電》，並駁斥章太炎説，“章先生之函，與《民立報》略同，但所云謀政治之統一，經濟之發展，軍事之統一，多非純粹建都問題……”章太炎則撰文《駁黃興主張南都電》，為袁世凱辯解。孫中山從大局出發，勸説章太炎不要堅持己見，與立憲黨人沆瀣一氣……總統府祕書吳玉章説，章太炎為了反對孫中山先生，實際上已經站到袁世凱那邊去了。
面對袁世凱的言而無信以及中外帝國主義勢力的強大，孫中山為了顧全大局，只好作出讓步，同意袁世凱在北京就職。3 月5日，孫中山致電蔡元培等在北京的迎袁專使，同意袁世凱不必南下就職。在這樣的形勢下，3 月6日，臨時參議院議決六條辦法，允許袁世凱在北京就第二任臨時大總統職;袁世凱接電後即致電南京臨時參議院進行電報宣誓;同意民國首都遷北京等等。
3 月10日，袁世凱在北京中南海宣誓就任中華民國第二任臨時大總統。孫中山為了防止袁世凱的出爾反爾，特指派胡漢民將蔡元培帶回的袁世凱在北京宣誓就職的誓詞書，交給臨時參議院保存。至此，民國初年的首都之爭，以首都設在北京、袁世凱得逞而告一段落。
