在馬林最後一次與孫中山等人進行談話時，孫突然用英語憤憤地説：像陳獨秀那樣在他的週報上批評國民黨的事再也不許發生。如果他的批評裏有支持一個比國民黨更好的第三個黨的語氣，我一定開除他。
問題是，“二七”慘案發生之後，黨內的激進情緒已大為軟化。蔡和森和張國燾等人的主張沒有能夠得到與會者的積極響應。馬林的理由很有説服力，既然中共幾年之內很難在祕密工作的條件下成為一個羣眾性政黨，無論如何不能等到中共有條件發展壯大之後再來進行國民革命。既然國民黨有充足的政治資源，又具有國民革命的明顯傾向，蘇聯也決定全力支持國民黨，中共當然責無旁貸地應當加入國民黨，利用自己的政治智慧，協助蘇聯幫助國民黨改組並推動它走向反帝革命。總不能因為“怕加入國民黨有危險，而留在黨外”。更沒有必要擔心工人羣眾會因為加入國民黨而被扼殺了革命精神。恰恰相反，要想推動國民黨走向革命，就必須在國民黨大量充實革命分子，培養強有力的國民黨左派，從而克服國民黨的種種錯誤傾向。馬林最終促使中共三大作出決議：不僅正式批准中共黨員加入國民黨，而且沒有直接提到任何旨在爭取建立羣眾性共產黨的實際目標。
馬林對通過共產黨來發展、推動國民黨充滿了熱情。他為此甚至不惜寫信給共產國際領導人，尖鋭批評那些對他説三道四的人。他説：“我不懂，為什麼共產國際執行委員會的策略是阻止國民革命的發展？”“莫斯科的意向是讓黨在共產主義旗幟下進行獨立的政治活動嗎？”實際上，中國“黨是個早產兒”，“是有人過早地製造出來的”，它的“整個工作幾乎都是依靠外國經費”，多數黨員沒有職業，所以黨同在職的工人、職員、教師等幾乎沒有聯繫。在這種情況下，“我們要鼓勵同志們到國民黨中去，並把用這個辦法支持國民革命看做是中國共產黨人的主要任務”，“不應憑想象去工作”。“絕對不要為此打出共產黨的旗幟，在很長一段時間內也不能在工會的宣傳中利用這面旗幟”。因為第一，許多人“害怕共產主義”;第二，它會“削弱俄國同中國國民黨人的合作”，“那些希望我們集中全力去建設羣眾性共產黨的人”，恐怕“是完全忽略了事情的實際情況”。
孫中山馬林的熱情未能夠得到孫中山的配合。1923年初，廣州克復，孫中山回到廣州，設立大本營，重新埋頭于軍政事務之中，國民黨的改組工作因此逐漸停頓。這不能不讓馬林倍感沮喪。馬林到底還是一位共產黨人，在他的觀念中，革命只能像法國以及俄國革命那樣，在中心城市宣傳和組織羣眾來進行。為此，自與孫中山接觸以來，馬林始終都在強調黨的組織和宣傳的意義，反對任何利用軍閥奪取地盤的“革命”方式。他甚至不止一次地在中共的刊物上化名發表文章，批評國民黨的這種做法只會使自己日益背離下層民眾的意願和需要。由於1922年夏天以後孫中山丟掉了廣州，馬林的這些批評意見確實很少引起國民黨人的反感。但在1923年初孫中山重新回到廣州之後，馬林就無法再用過去的方式向國民黨提意見了。一個最明顯的例子就是，5月6日山東臨城發生土匪搶劫火車，打死一名英國人，劫掠二十六名外國人。事後，孫中山委任負責外交事務的伍朝樞起草電報，以國民黨中央名義致電北京外交使團，要求各國撤銷對應負此事責任的北京政府的外交承認，以便給予中國人民另行建設全國公認政府的機會。馬林對國民黨請求列強幫助的作法極感不滿。他除了寫文章在中共機關刊物《嚮導》週報上公開批評以外，還當面向孫中山提出異議。結果，孫中山不僅無動於衷，而且對他重提加緊改組國民黨工作和加強政治宣傳問題，乾脆也一口回絕，堅持一切必須等到軍事問題基本上解決之後。
馬林對孫中山態度的變化，十分焦慮。他終於不能不轉而注視中共的作用，企圖通過國民黨內的共產黨員，引導國民黨去執行“國民革命的政策”。他提出，只有像陳獨秀這樣的人物，才能在國民黨內部展開宣傳，“促進國民黨的新生”。馬林據此推動中共中央通過決定，以中央委員會諸委員的名義，聯名致函孫中山，要求他在華南停止軍事行動，到上海去，組織工、商、學界的國民會議，把現有的各聯合會組織成為自治政府。他建議，如果孫中山不能接受，“李大釗在北京和其他城市的其他同志，就要着手去把國民黨的地方支部爭取過來，採取黨的這個新策略”。
按照馬林的建議和中共中央的決定，陳獨秀等五名中央執行委員起草並向孫中山提交了建議信。信中強調，由於曹錕逼走黎元洪，試圖取得總統地位，遭到上海乃至整個北方民眾的強烈反對，上海各馬路商會已經公開要求組織國民會議解決問題。國民黨應當利用這個機會，公開站出來領導民眾鬥爭，並乘機宣傳自己的主張。為此，“我黨當前的主要任務是結束廣州的戰事，這樣我們才能在國家政局危急之時去勝任我們的主要任務。我們不能囿於一方的工作而忽略全國的工作。我們要求先生離開廣州，前往輿論的中心地上海，到那裏去召開國民會議”，以便爭取在國民會議的基礎上，組成一個新的政府，進而建立一支解決全國問題的國民革命的新軍隊。但是，孫中山在與陳獨秀等人的談話中明白表示，他既不會與曹錕等人合作，也不會按照各方建議，將國會召來廣州，同時也不會支持上海商人的行動，因為他看不出這會有什麼結果。孫中山堅持，當前關鍵的問題，還是要爭取建立一支自己的革命軍隊。據陳獨秀報告説：當他詢問孫中山，在國民黨尚未成功改組並擴大自己的陣地之前，如何能夠建立這樣一支軍隊的問題時，孫的回答是：“黨只有到緊急關頭才能一馬當先。現在我們必須發展我們的軍事力量，在南方的廣東可以建立根據地，然後我們必須設法在東北或西北得到一支軍事力量。靠這些力量的協作將使革命取得勝利。召開國民會議是不可能的。”
在西北或東北建立一支軍事力量，是孫中山久已有之的夢想。為此，他堅持與張作霖保持密切關係，同時極力勸説蘇聯政府的代表，支持他在中國西北地區，如新疆和蒙古邊境等地建立軍事基地。1923年5月，莫斯科同意提供200萬金盧布援助，並願意與孫的代表討論西北軍事計劃，孫明顯地對堅持廣州根據地和發展自己的軍事力量給予了更多的關注。這時，馬林在極力協助蘇聯外交代表越飛，為孫中山爭取到俄國的援助之後，突然發現自己犯了一個致命的錯誤。
注意到孫中山在軍事上的進展，廣州根據地的鞏固和蘇聯的支持，馬林開始失去耐心。在他看來，只要孫中山仍然身在南方，他所關心的唯一問題就是控制廣東，而軍事上越有利，孫就會越滿足於政治謀略，“而更不樂意與我們接近”。馬林在給越飛的信中承認：“現在，我對他毫無辦法。”因此，他尖鋭批評越飛不該為孫中山爭取到財政援助，斷言“拿錢支持國民黨是不負責任的”，“從經濟上支持孫在南方的軍事計劃並無益處，那些計劃其實並沒有革命意義”。他説：過去這200萬元對孫中山也許至關重要，但對一個已在廣東立足並能駕馭局勢的統治者來説，就遠不是那麼重要了。如果莫斯科繼續“讓孫保持控制權，那對於整個運動將是有害的”。馬林提出，與其為了幫助孫中山控制廣東，把200萬元塞進南方將領的腰包，真不如用2萬元幫助為數不多的共產黨人，從事國民黨的宣傳，看看他們在這方面會有什麼作為。
但到這個時候再來鼓勵共產黨進一步展開對國民黨的批評與競爭，已經太晚了，它反而會讓正在期待蘇聯援助的孫中山懷疑共產黨人蓄意拆台。隨着陳獨秀、蔡和森等人在中共中央機關刊物《嚮導》雜誌上一再發表文章，批評國民黨幻想佔據廣州一隅之地，利用軍閥實行北伐來成就中國革命的作法不切實際，孫中山很激烈地表示了他的不滿。7月18日，在馬林最後一次與孫中山等人進行談話時，孫突然用英語憤憤地説：
像陳獨秀那樣在他的週報上批評國民黨的事再也不許發生。如果他的批評裏有支持一個比國民黨更好的第三個黨的語氣，我一定開除他。如果我能自由地把共產黨開除出國民黨，我就可以不接受財政援助。
據馬林後來報告説，孫中山説到這個問題時，情緒非常激動，以致廖仲愷和胡漢民等人一個個噤若寒蟬，都悄悄地溜走。只有馬林還留在那裏，努力為陳獨秀做些辯護。但無論如何，孫中山堅決維護國民黨，不允許身為國民黨員的中共領導人公開批評國民黨的態度，是再清楚不過了。為此，中共中央在第二天就緊急召開會議討論。根據各方彙集的情況可知，不僅孫中山對中共的批評強烈反感，而且上海和廣州的國民黨人都表現出同樣的情緒。他們甚至懷疑陳獨秀等人只是想利用國民黨，孫中山委任他為大本營宣傳委員長，他卻在利用這一職務做同國民黨決裂的事情。身為國民黨員的中共領導人面對這種情況，深感為難。按照共產國際的決議和共產黨自身的觀點，他們無法對國民黨在政治上的問題和不足視而不見，否則就不足以顯示其組織上的獨立性;但基於共產國際必須留在國民黨內的決議，他們又不能輕易破裂與國民黨的關係。討論來討論去，最後的決定是，繼續過去的路線，在批評上避免激烈詞句，同時加強有利於國民黨的宣傳。這樣一種方針，顯然不可能解決問題。
其實，國共關係中的麻煩，也並不僅僅是國民黨人的感受問題，中共自身也困惑不已。僅以中共中央駐地問題為例，馬林千方百計把中共中央弄到廣州來，經過幾個月的時間，連馬林自己都發現這是一個餿主意。在孫中山身邊，任何與孫中山意見分歧的言論都難免會引起糾紛，孫中山嚴厲批評陳獨秀，就是因為得知香港英文報紙不滿國民黨在廣州不能管束陳獨秀等人言論的消息所致。而與此同時，把中央搬到廣州來，原本是馬林想要更有效地通過中共中央來推動國民黨改組工作的進行。事實上幾個月來，中共領導人在這方面幾乎無事可做。相反，北方政治出現危機，中共反而沒有力量去領導和組織強有力的政治宣傳。
到1923年7月，馬林不僅自己灰心喪氣，而且也失去了共產國際的信任。眼見在馬林的影響下，中共中央以國民革命為中心任務，自身的發展宣傳工作受到影響，共產國際東方部對這位荷蘭人有理由強烈不滿。一位在北京的共產國際工作人員的報告尤其能反映出這種不滿情緒。報告稱：由於黨員全部加入了國民黨，“黨的工作這裏進行得很少。本來它的規模就不大，而近來由於這個倒黴的國民黨奸黨，工作幾乎完全停止了。大家都被套在孫逸仙的馬車上，對其他的一切都不屑一顧”。這樣，馬林成了東方部官員嘴裏的“右派”的代名詞，自然不足為奇。當得知馬林終於要被調離中國之後，一位東方部工作人員憤憤不平地表達了這些人的心情：
但願任何貫徹越飛的觀點或外交人民委員部其他代表的觀點的馬林們，不要使黨陷入一會兒向這位將軍點頭，一會兒向另一位將軍點頭的變化不定的窘境。外交人民委員部需要這樣，但不要把黨牽連到這種事情裏去。即使國民黨目前確實是所有黨派中最優秀的，更接近於國民革命運動，但也決不意味着我們應當做它的尾巴，同它一起經受種種冒險、病痛、陰謀、欺詐等等。
