一直以來很多人認為會認為清朝時候滿族跟蒙古人關係特別好，親如一個民族似的。非也，其實滿清一直非常提防着蒙古人的。清朝時政府對內蒙古地區實行特殊管理。一方面以聯姻來籠絡蒙古各部首領，以宗室女外嫁各部首領及其子、侄。另一方面在政治上實行分而治之的“扎薩克制”，亦即盟旗制度。
何為盟旗制度？
清朝為分化蒙古族，控制其上層貴族而實行的政治制度。天命九年(1624)後金統治者對歸附的蒙古部眾，按八旗組織原則(見八旗制度)，在其原有社會制度基礎上編制旗分，後復以此辦法陸續安置歸附的蒙古諸部。至乾隆三十六年(1771年)，土爾扈特部蒙古返歸中國後，全蒙古部眾悉數被納入盟旗體制。此制自初置至完備，歷時一百四十多年。
盟為旗的會盟組織，合數旗而成。每盟設盟長一人、副盟長一人，原由盟內各旗札薩克在會盟時推舉，後改由理藩院就盟內各旗札薩克中籤請皇帝派人兼攝。喀爾喀蒙古各盟是在部的基礎上建立的，所以部長又是盟長。
盟並非一級行政機構，盟長的主要任務是充當三年一次的會盟召集人，履行比丁、練兵、清查錢穀、審理重大刑名案件等職責，但無發兵權，不能直接干涉各旗內部事務，也無權向各旗發佈命令，只是對盟內各旗札薩克實行監督，有責任隨時告發札薩克的不法或叛逆行為。厄魯特蒙古各盟則不設盟長，其盟務由該管地區將軍或辦事大臣直接掌管。
旗是清廷設在蒙古地區的行政、軍事單位，也是清朝皇帝賜給旗內各級封建主的世襲領地。旗是經過編織佐領，安置屬民，分給牧地，劃定旗界，任命札薩克形成的。任命札薩克時，不但要考慮在部內的影響及地位，而且還要考慮對清廷是否忠順有功。
自古以來蒙古人是非常彪悍的，他們的戰鬥力遠遠強於滿族，如果他們一旦造起反來，可能就要來一次“蒙軍入關”了。清廷當然不傻，為了防止這種事情發生，他們採取的措施就是要極大的限制蒙古族。首先就是不能讓蒙古人和漢人往來。要想得漢人天下，首先得跟漢人聯合，滿清當年可以入關，多多少少也是靠吳三桂。明朝不是敗在清軍手裏，而是敗在自己人手裏，李自成、張獻忠、吳三桂……
那麼要怎樣隔絕蒙漢之間的往來呢？
比如滿清設置了很多關卡，防止蒙古人輕易到中原來，要來的話只能從山海關、喜峯口、古北口等等這幾個關口。並且還要登記，當你出關回去的時候又得盤查一到人數，如果發現少了幾個人，就會懷疑這幾個人是偷渡了。在自己的國家裏居然還算偷渡，奇怪！
並且滿清政府禁止蒙古人學習和接觸漢文化，其目的就是不要讓蒙古人對漢文化產生好感，以至於與漢人交流，甚至結合起來。當時清廷給蒙古人做了很多的規定，比如説絕對不能取漢人的名字，公文也絕對不能用漢字，只能用蒙古文或者滿文。如果擅用漢字一旦被發現，就得治罪。
另一方面清政府還禁止漢人出關到蒙古的地盤上去經商。即使要去，必須得清政府相關部門發批文，並且限定在規定的時間必須回來。還嚴格規定，出去的漢人不準跟當地蒙古女子通婚，也不準起蒙古名字。總之所做一切就是要蒙漢隔絕起來，避免聯繫。清廷怕你們聯繫多了，就要聯合起來對付我。
所以我們可以發現一個事實，清朝三百年，中國各地都在蓬勃向上發展，但是唯有蒙古地區一直很落後，一直處於遊牧的狀態，生產力還是幾百年前的一個老樣子，沒有得到任何的發展。不讓蒙古人學習和接觸漢人，禁止他們學習先進的漢文化，先進的生產技術。這人為的讓蒙古地區固步自封起來了。
滿清統治者還在蒙古地區大力提倡修建各種喇嘛寺。喇嘛寺一多，僧人自然也很多，信教的蒙古人也就很多。大家都被宗教給麻痺了，都當了順民，這樣就有利於清朝政府的統治。而且一方面來説，一個地方太多的人信教，成天的唸經誦佛，荒廢生產，這樣不利於當地的經濟發展。
清朝政府還變相的頒佈了一個計劃生育的政策，一户蒙古人家庭如果有五個兒子，其中就必須要有兩三個要出家當和尚。當了和尚自然不能娶妻生子了，以至蒙古地區人口逐漸減少。
一個曾經人口眾多，十分強悍的蒙古族，並且一度征服過歐亞大陸的許多國家，在被清政府統治三百年之後，人口一路的下降。清朝初期蒙古地區人口1000萬左右，在辛亥革命時期只有100萬左右了。這個跟清朝統治者對蒙古地區實施的一系列封閉政策和變相性的節育政策是分不開的。在這點上他們是要負責的。
