在養心殿乾隆帝辦的另一件大案是王亶望貪污案。
王亶望，山西臨汾人，江蘇巡撫王師之子。亶望考取舉人後，沒有參加會試和殿試，雖沒取得進士功名，但花錢買了個知縣。先後任甘肅山丹、皋蘭等縣知縣，後升為雲南省武定府知府。乾隆帝引見後，命他仍然去甘肅，等待分配，後任寧夏府知府。再升任浙江布政使，就是副省級，並暫署巡撫，就是代省長。王亶望雖然學歷不高，又不是正途，但會做官，官運亨通。王亶望喜歡拍馬屁，卻拍到馬蹄子上。乾隆三十八年(1773年)，乾隆帝到天津巡視，王亶望藉機向乾隆帝獻上金如意，金如意上嵌飾珠寶，非常貴重，但遭拒絕。一年後，王亶望由浙江布政使兼代理巡撫，調任甘肅布政使，這顯然是明調暗降。
王亶望到甘肅就職後，做了一件事，令乾隆帝發怒。原來規定：允民用豆和麥，可捐納國子監的生員，可以應試入官，這叫作“監糧”，乾隆帝曾下令廢除。不久，乾隆帝又允肅州和安西，可以如舊例捐納。王亶望到甘肅任，向陝甘總督勒爾謹申請，以內地倉儲未實為由，代為上疏申請甘肅省諸州縣都可以收捐;隨之，又請于勒爾謹，令民眾改為輸納白銀。王亶望又虛報旱災，謊稱以粟治賑，就是直接或變相貪污賑災糧銀，以飽私囊。他們做得很巧妙，自總督以下官員都有份，王亶望獲取更多。議行半年多，王亶望疏報共收捐(賣名額或賣文憑)19017名，獲得豆麥827500餘石。(《清高宗實錄》卷九百七十一)
事發，乾隆帝説：“甘肅民貧地瘠，安得有二萬人捐監？又安得有如許餘糧？今半年已得八十二萬，年復一年，經久陳紅(陳糧)，又將安用？即雲每歲借給民間，何如留於閭閻，聽其自為流轉？”(《清史稿·王亶望傳》卷三百三十九)因發“四不可解”(《清高宗實錄》卷九百七十一)詰問勒爾謹。勒爾謹巧辭回覆。乾隆帝沒有深究，只是告誡説：“爾等既身任其事，勉力妥為之可也。”而後，王亶望升任浙江巡撫。
猴改不了爬樹，狗改不了吃屎。王亶望任浙江巡撫後，迎駕乾隆帝南巡。王亶望在杭州迎駕，建造屋宇，點綴燈綵，華縟繁費，極為奢侈。乾隆帝既喜歡豪華鋪張，又不願顯得奢華，告誡下不為例。王亶望母親死，請治喪百日後，留海塘工程效力，獲准。但浙江巡撫李質穎入覲養心殿，順便奏告王亶望不派妻孥等回鄉治喪。乾隆帝借茬將王亶望免職，仍留海塘工程效力。
案子由突發事件引起。乾隆四十六年(1781年)，甘肅循化(今屬青海)撒拉族蘇四十三率眾起事。陝甘總督勒爾謹督師兵敗，被逮捕下獄。大學士阿桂、尚書和珅先後出師甘肅，因雨延期入境。乾隆帝因疑甘肅連年報告大旱不實，令調查具實奏聞。阿桂等上奏王亶望等賣官、虛報旱災等罪。乾隆帝大怒，命逮捕陝甘總督勒爾謹、原巡撫王亶望、甘肅布政使王廷贊、蘭州知府蔣全迪等下獄。
此案受牽連的勒爾謹，滿洲鑲白旗人，乾隆初以翻譯進士授刑部主事，遷員外郎。後升任陝甘總督。下刑部論斬，命改斬監候，死於獄中。此案也受牽連的陳輝祖，為兩廣總督陳大受之子，時任閩浙總督兼浙江巡撫，以查抄王亶望家時匿藏金玉器，後賜自裁，其子戍伊犁。(《清史稿·陳輝祖傳》卷三百三十九)此案還牽連已故乾隆三年(1738年)狀元、軍機大臣、文華殿大學士兼户部尚書、四庫全書館正總裁、上書房總師傅兼翰林院掌院學士于敏中，時敏中已死，併入祀賢良祠。乾隆帝命“于敏中着撤出賢良祠”，(《清史稿·于敏中傳》卷三百十九)遭身後之辱。
經審：諸州縣賄賂數以千萬計;抄王亶望家得金銀100餘萬兩。審結：總督勒爾謹自裁(死於獄中)，巡撫王亶望論斬，布政使王廷贊論絞，蘭州知府蔣全迪斬首，州縣官貪污賑濟銀二萬兩以上者22人俱斬首。還有，王亶望之子王裘發伊犁，幼子下獄到年滿12歲時逐個流放。而後，又發現並誅殺閔鵷元等11人，獲罪董熙等6人。
王亶望之案，總督勒爾謹、巡撫王亶望等貪污腐敗，激發了甘肅蘇四十三民變。此案殺總督勒爾謹和陳輝祖二人，巡撫王亶望一人，布政使王廷贊一人，知府和知縣等33人，其他受處分官員多人。
此案，乾隆帝早有耳聞，派軍機大臣、刑部尚書袁守侗，覺羅、刑部左侍郎阿揚阿前往，盤查甘肅監糧。不料，這位大司寇上奏稱“倉糧系屬實貯”。乾隆帝信以為真，不再追查。這次案發之後，乾隆帝在承德避暑山莊，問訊阿揚阿當年前往甘肅盤查糧倉之事，阿揚阿奏稱：“在甘省盤查時，逐一簽量，按州核對，俱系實貯在倉，並無短缺。”
乾隆帝對此毫不相信，他認為：此必當地官員一聞查倉之信，挪東掩西，為一時彌縫之計，其籤量人役，均系地方官所管，易於通同弊混，而袁守侗、阿揚阿等受其欺蔽，率稱並無虧短。為此，下諭：此等籤量人役，即系地方官所管之人，阿揚阿當時“雖逐倉查驗，亦止能籤量廒口數尺之地，至裏面進深處所，下面鋪板，或摻和糠土，上面鋪蓋谷石，此等弊竇，阿揚阿能一一察出不受其矇蔽乎？”
乾隆帝此諭問得很好，把袁守侗、阿揚阿的受騙失職，實際情況，揭示清楚。在短時間內，他們開銷監糧600餘萬石，又銷去舊存常平倉130餘萬石，合計730餘萬石，為何並未察及——是官官相護，或是知情不舉，或是敷衍塞責，或是確受矇蔽？乾隆帝説：袁守侗、阿揚阿查辦此案，均難辭咎，着交部嚴加議處。部議袁守侗奪官，命留任治河，兩年後病死，阿揚阿革職。
