“九·一八”事變後，日本侵略者迅速佔領東北三省，而東部內蒙古的哲裏木、昭烏達、卓索圖盟和呼倫貝爾地區也相繼淪陷。正在呼倫貝爾進行佛事活動的九世班禪為了避免落入日寇之手，與隨從頂風冒雪、晝夜兼程向內錫林郭勒盟轉移，1931年10月安全到達蘇尼特右旗。
在那裏，九世班禪發表了《請安撫蒙民通電》，指出“東省淪陷，深盼國家決計恢復，誓共圖存，以固疆土”。“臨患不忘國，忠也。”九世班禪以其言行，在中華民族最危險的時候，堅決反對日本侵略者，不愧為一位深明大義、不計個人得失的偉大愛國者。
愛國愛教 宣傳抗日
英帝國主義挑撥離間，造成十三世達賴與九世班禪的矛盾。1923年，九世班禪從西藏到達內地後，日本帝國主義就開始極力拉攏。曾在十九世紀末和二十世紀初先後兩次入藏的日本僧人河口慧海就曾3次會見九世班禪，探詢他是否有意訪日。1933年初，日本還安排人員兩次謁見九世班禪，7月、11月又要求九世班禪將其收為弟子，隨行“學法”。
面對日寇入侵，班禪大師不僅多次強調西藏是中國領土不可分割的一部分，而且嚴詞拒絕日方拉攏，在邊疆地區宣傳抗日愛國精神。
1926年，九世班禪應東蒙古各旗王公的邀請，前往瀋陽。從1927年4月到1931年初，九世班禪大師一直在蒙古各地舉行佛事活動。
1931年5月初，九世班禪抵達南京。他在國民會議上致祝詞：“……伏望諸公宏紓傳議，整頓邊疆，本總理經濟弱扶傾之訓，鞏固國家主權領土之基，重張上國之聲威。”接着，他又參加了在南京召開的“新亞細亞學會第三次大會”，發表《西藏是中國領土》的講演。班禪明確表現出維護祖國統一、民族團結的愛國主義思想。
同年7月1日，國民政府冊封班禪為“護國宣化廣慧大師”，當時的國民政府主席蔣介石宣讀了冊封令。冊封典禮在南京國民政府禮堂舉行，蔣介石親授玉冊、玉印。
深明大義 振臂疾呼
不久，班禪又應呼倫貝爾副都統凌升邀請，離開南京到蒙古海拉爾等地，為廣大僧俗羣眾講經、摸頂。
班禪在內蒙古東部哲理木盟、呼倫貝爾地區進行佛事活動時，向各地羣眾宣化民族團結、同舟共濟、禦侮圖存大義，安撫了民心，深得各族人民的敬愛。
1931年，侵佔東北後，日本侵略者將魔掌伸向內蒙古西部地區。特務在蒙古王公和羣眾中散佈流言，挑撥離間，引起各盟旗蒙古王公、民眾的惴惴不安。班禪從呼倫貝爾至錫林郭勒盟的途中，目睹這種情狀，深感國難日亟，邊事危機。所以他每到一地，都盡力宣傳團結禦侮之大義，並與寺院喇嘛共同唪經、祈禱，希望中央速籌良策，以免蒙旗遭受日本鐵蹄踐踏。
在此多事之秋，國民政府也寄希望於正在東蒙地區宣化的九世班禪。
10月13日，蒙藏委員會委員長致電班禪：“沈變（“九·一八”事變）發生，時以為念，現在國事危急，滿蒙接近強敵，務盼切實勸導，使邊地人民均知擁護中央，以圖自救，萬勿受人利用。”
同日，考試院院長戴傳賢也致電班禪：“大師愛國愛民，務懇對於滿蒙各同胞切實教導，使知擁護中央，造成真正統一，為自救救國之要道。”這些電文説明，班禪一貫深明大義、愛國愛教，他維護祖國統一和民族團結的政治主張，為社會各界所共知和倚重，在危急關頭，中央政府期待他分憂解難。
1932年3月4日，班禪發表《請安撫蒙民通電》：
“瀋陽事變，正班禪擬南來之際，乃倭寇猖獗，得寸進尺，甚至多方離間，廣散流言，以期逞其野心……當此國難，凡屬人民，亦宜奮起……”
同年春，日本侵略者策劃進軍佔領察哈爾、綏遠兩省，西蒙危在旦夕。這時烏蘭察布盟長兼達爾罕旗札薩克雲親王再次邀請班禪去宣法。班禪抵百靈廟後，召集蒙藏僧尼千餘人舉行大法會，為在榆熱前線抗擊日本侵略的將士爭取勝利而祈禱。
此次宣化大會的情形，班禪向中央致電報告説：“近聞暴日不顧公理，蔑視盟約，仗其武力，攻我榆熱，揆彼用心，無非欲實現大陸政策之陰謀。現我軍民時至忍無可忍，官兵義師前仆後繼，為自衞而抵抗，為正義而捨生，救國熱忱，中外皆欽。班等宣講國難中應盡天職，化彼惶恐觀望之心理，實行團結，共赴國難。”
這份電報被稱為向國民黨政府發佈的《抗日通電》。
班禪在百靈廟宣化抗日的愛國舉動，受到國民政府的肯定。
班禪同時向中央提出，現百靈廟在活動舉行“蒙古自治會議”，希望中央能妥善解決。他此後將赴蘇尼特右旗“與德王面一切”。
御辱圖存 維護統一
1933年7月，德王在百靈廟召開第一次“蒙古自治會議”。因錫、烏兩盟王公多抱觀望態度，9月，德王又在百靈廟舉行第二次“蒙古高度自治”會議，他“為了藉助班禪的勢力，影響各地的王公能前去參加這次‘自治會議’，便特地邀請班禪由錫盟前來百靈廟居住，併為他興建班禪行宮一座”。
此間，潛伏在德王旗珠日和廟裏冒充僧人的日本特務，利用德王發動“蒙古自治”的野心，對德王提出“應與日本合作進行”。
綏遠省和中央得悉此次“自治”運動幕後有日本人操作控制，對所謂“內蒙自治”的性質引起警惕，懷疑它是分裂運動或是傀儡運動。於是，國民黨政府派遣內政部長黃紹竑、蒙藏委員會委員長趙丕廉前去宣導。
在黃、趙大員未達之前，班禪為防止“蒙古自治”運動被日本侵略者利用，於10月25日在百靈廟召見參加“蒙古自治”會議的王公，並發表談話，他説：“首都中央所派大員黃、趙二氏，尚未到達之前，本人極望諸位少安，以待此次諸位所集討之自治，以範圍無論如何不能超出地方自治以外，而此種自治，須受中央之扶持與若干制度之限制也，然後蒙人方能享受到自治直正之益。”
班禪等發表談話後，在蒙古王公中產生了很大反響。在各方面的合力呼應下，日本此次圖謀與德王“合作”分離蒙古的陰謀即告破產。班禪在反對分裂內蒙古的鬥爭中所作出的貢獻，得到了中央政府和社會各界的高度肯定。
1935年1月27日，應阿拉善旗札薩克親王達理扎雅的邀請，班禪抵達定遠營（阿拉善王府所在地）宣化，駐錫延福寺（王爺廟）。阿拉善旗地處賀蘭山北麓，是內蒙古與外蒙古、新疆接壤的邊陲戰略要衝。日本關東軍數次派遣軍官乘飛機來，要挾阿拉善王公與其“合作”，並要在定遠營設特務機關、建軍用機場。班禪來後悉此情形，在宣化中諄諄告誡蒙古王公、喇嘛，要警惕日本的侵略陰謀，化導蒙漢民族消除嫌怨，團結一致，御辱圖存。
不計得失 顧全大局
1935年4月4日，班禪致函行政院長汪精衞，表示內蒙古宣化事務已經結束，是以決定4月中旬首途赴青，轉道回藏。同年9月，國民政府頒佈命令，特派誠允為護送班禪回藏專使。1936年底，九世班禪大師一行取道甘南拉卜楞寺到達青海玉樹。由於英帝國主義插手、西藏當局阻撓，九世班禪大師返藏受阻。不久，盧溝橋事變爆發，日軍大規模侵佔華北，內憂外患中，國民政府無暇西顧，令九世班禪大師“暫緩返藏”。
獲悉這個消息，大師的心情沉重，他連夜致函給趙守鈺專使轉呈國民政府蒙藏委員會，其中有這樣一段話：“班禪東來十有五載，謬荷中央依界、殊遇優渥，心切五族團結，共安邊防，冀報黨國於萬一，寧願犧牲個人，力全大局，不願中央威信陷於墮墜，既遵院令，暫緩西行，以待將來。”
1937年，九世班禪將行轅設在青海玉樹大寺的甲拉頗章時，當時日軍已侵佔了北京、天津、上海等大城市，抗戰形勢日趨嚴重，班禪在此發表《告西垂同胞書》，捐獻3萬元，購公債3萬元，並動員行轅全體同仁踴躍捐款，彙集前方，慰勞抗戰將士及救濟傷兵與難民。並在玉樹寺誦經祈禱抗戰早日勝利。
班禪大師回藏被阻，悲憤交加，即染重病，於1937年12月1日凌晨圓寂於玉樹寺拉加頗章宮中。彌留之際，大師留下了“望吾藏官兵僧俗，本中央五族建國精神，善繼餘志，以促實現”的遺囑。國民黨政府後來追封他為“護國宣化廣慧圓覺大師”。
從1926年至1935年，九世班禪大師在內蒙古活動長達10載。他深明大義，擁戴中央，號召人民共同禦侮抗敵，不但公開在百靈廟發表“抗日通電”，而且主動協助中央粉碎日本支持的“蒙古自治”陰謀，是一位堅定的愛國主義者和傑出的社會活動家。
