蜂蜜可以放冰箱保存，但温度不能低於零度，否則會結晶，影響口感的均勻程度。蜂蜜儲存時，宜放在低温避光處，最好放入冰箱內低温保存，不宜陽光直射。蜜蜂雖然在某一個時期只從一種植物上採集花蜜，但是，大多數蜂蜜中常常含有幾種類型植物的花粉或花蜜，例：南方荔枝花末期接着有龍眼花，油菜花末期接着有紫雲英開花，所以龍眼蜜裏必含有荔枝蜜成分，紫雲英流蜜初期必有少量油菜蜜成分。
一般情況下，蜂蜜是以一種或幾種主要來源的花名來命名的。一般地説，某單花蜜就是該蜜源植物的花粉比例佔絕對優勢，例如在東北的椴樹蜜中，椴樹花粉應占絕對優勢，蜜色白潤。但也有許多植物同時開花而取到的蜜，因它有兩種以上的花粉混雜在一起，一般稱為雜花蜜，或百花蜜。
蜂蜜在常温、常壓下，具有兩種不同物理狀態，即液態和結晶態（無論蜂蜜是貯存於巢洞中還是從巢房裏分離出來）。液態蜜也就是蜂蜜從蜂巢中分離出來並始終保持着透明或半透明黏稠狀的液體。然而多數品種蜂蜜放置一段時間後，尤其在氣温較低時，逐漸形成結晶態，這樣蜂蜜稱為結晶蜜。
蜂蜜隨蜜源植物種類不同，顏色差別很大。無論是單花還是混合的蜜種，都具有一定的顏色，而且，往往是顏色淺淡的蜜種，其味道和氣味較好。因此，蜂蜜的顏色，既可以作為蜂蜜分類的依據，也可作為衡量蜂蜜品質的指標之一。蜂蜜之間存在着色澤差異，將其分為水白色、特白色、白色、特淺琥珀色、淺琥珀色、琥珀色及深琥珀色7個等級、其區分顏色的依據是普方特比色儀。
