毛南族信仰多神多教。明末之前，以信奉原始宗教為主。清初，正一派道教傳入毛南族聚居區，開始幾種宗教同時流行。以後，道教在同毛南族文化，尤其是原始宗教、文化及其他民間信仰的合流中，佔據了主要地位，形成以敬神跳神(還願)為主的所謂“武教”，以打齋送終為主的所謂“文教”，以及由兩班人馬合作的水陸道場。掌管敬神法事者，毛南人稱為“博套”，即師公;掌管送終法事者叫“先生”，即道士。第三種是專司驅鬼招神的巫師，稱為“匠暮”，其餘是降神法童、風水先生、鬼谷先生(兼占卜等)。前三種，他們各有一套經書，如師公有唱本誦詞(巫語);道士有《開路歌》、《輓歌》及佛經;巫師有巫語集。師公的誦詞多為長短句，歌詞有三、四、五、六、七字句，極少數不等的長短句。道士的唱詞有五言句並七言句，經書的句式則長短不一。這些唱詞、經書和巫語有相當一部分屬韻文，講究格律，同毛南族的民歌民謠有千絲萬縷的關係，它們的形式、唱曲為羣眾喜聞樂聽。其書寫文字，大部分用漢字直書，一部分用假借字。
誦唱時，師公與巫師多用廣西宜州市德勝鄉漢語方言，兼用毛南語和壯語;道士用廣西柳州普通話，唱詞用毛南話。近百萬字的唱詞、經文及巫語，不只含有大量的宗教資料，傳統的韻文與散文作品，而且保存了許多民俗、歷史並語言文字方面的材料，文化內涵十分豐富。
1941年，基督教開始在一些鄉村建立教堂或傳教點，至今先後有200餘名教徒，活動不甚正常。另外有極少數人於陰曆每月的七年級、十五日焚香跪拜觀音菩薩。
新中國成立後，實行黨的信仰自由的宗教政策。一般説來，毛南族現存的主要是多神崇拜，並隨着全民族科技文化素質的提高，一些封建迷信的東西正在消亡。
