光緒二十四年(1898)，戊戌變法失敗，光緒被幽禁於西苑瀛台。珍妃也因干政被拘禁於紫禁城中的北三所，兩名宮女日夜輪流看守，門從外面鎖上，飲食從門下送入。珍妃原來所居的景仁宮被封，她位下的太監也受到牽連，不是被處死，便是被罰做苦役或驅逐。慈禧還諭令所有太監，不準為珍妃傳遞信息，如果查出，就地正法，絕不姑息。從此，這一對彼此相愛的眷侶遙遙相望，不得相見。珍妃直到死，也未能再見光緒一面。
光緒二十六年(1900)七月，八國聯軍侵入北京，慈禧太后攜光緒、皇后、瑾妃等逃往西安，珍妃卻沒有在隨行之列，在出逃之前，她墜井而死。關於珍妃的死，民間有種種説法。
有人説珍妃是自己跳井而死的，慈禧西逃前，因為不能帶太多人，所以讓珍妃回孃家避禍。可珍妃不識大體，死活要跟隨。慈禧一怒之下便讓她去死。沒想到珍妃倔犟，説死馬上就跳井死了，旁人攔也攔不住。這是慈禧的後人説的，但是這一説法難免有為長者諱的意味，既然不能帶太多人，命珍妃回家避禍，那麼讓珍妃的姐姐瑾妃隨行又是何道理呢？
慈禧出逃前夕，已經有了將珍妃置於死地的念頭。有人説珍妃進言請光緒留在北京，主持議和。慈禧一怒之下命崔玉貴將其推入樂壽堂後的井中。也有人説珍妃並未説過讓光緒留京的話，是慈禧以不能任洋人侮辱為由將其害死。珍妃不願意死，慈禧便命令崔玉貴將她強行推下井，這口井後來被稱為“珍妃井”。
光緒二十七年(1901)春，議和成功，遠在西安的慈禧派崔玉貴回京探聽消息，並命內務府打撈珍妃的遺體。珍妃的遺體在井中泡了一年多，已經膨脹變形了，再加上井口又小，打撈了很久才被打撈上來，內務府置辦棺材，將其遺體裝殮入棺，簡單潦草地葬於阜成門外恩濟莊的宮女墓地。
同年十一月二十九日，慈禧從西安回到北京。次日，發佈了一道懿旨，將珍妃的死説成是“倉猝之中，扈從不及”，節烈可嘉，並追封她為貴妃。珍妃的姐姐瑾妃懷念她，在珍妃井附近設置了一個小靈堂，神龕供奉着珍妃的神位，神龕橫額上親書“精衞通誠”4個大字，以頌揚珍妃對光緒的一片真情。
民國二年(1913)，在瑾妃(時為端康皇太妃)的要求下，宣統帝溥儀將珍妃遷葬光緒景陵妃嬪園寢。1921年，溥儀以珍妃“温恭夙着”，追諡為恪順皇貴妃。
