明太祖朱元璋十分重視修史工作，他即位的當年，即元朝滅亡的當年，1368年，便下詔編修《元史》。
洪武二年(1369)二月丙寅(七年級)，在南京的天界寺(今南京朝天宮東)正式開局編寫，以左丞相李善長為監修，宋濂、王褘為總裁，徵來山林隱逸之士汪克寬、胡翰、趙壎等十六人蔘加纂修。明朝初年的著名文學家宋濂是主要負責人。這次編寫至秋八月癸酉(十一日)結束，僅用了188天的時間，便修成了除元順帝一朝以外的本紀37卷，志53卷，表6卷，傳63卷，共159卷。這次修史，以大將徐達從元大都繳獲的元十三朝實錄和元代修的典章制度史《經世大典》為基礎。
由於編纂的時間太倉促，缺乏順帝時代的資料，全書沒有完成，於是派歐陽佑等人到全國各地調集順帝一朝資料，於洪武三年二月六日重開史局，仍命宋濂、王禕為總裁，率領趙壎，朱右、貝瓊等15人繼續纂修，經過143天，七月七年級書成，增編順帝紀10卷，增補元統以後的《五行》、《河渠》、《祭祀》、《百官》、《食貨志》各1卷，三公和宰相表的下卷，《列傳》36卷，共計53卷。然後合前後二書，按本紀、志、表、列傳釐分後，共成210卷，也就是現在的卷數。兩次纂修，歷時僅331天。
