明教的來源在金庸的武俠小説《倚天屠龍記》中曾有明確記載：明教源出波斯，本名摩尼教。於唐武后延載元年(694年(甲午年))傳入中土。
《倚天屠龍記》中描述如下情節：源於波斯國，唐時傳至中土。當時稱為祆教。唐皇在各處敕建大雲光明寺，為明教的寺院。只因歷朝貪官污吏欺壓我教，教中兄弟不忿，往往起事，自北宋方臘方教主以來，已算不清有多少次。
元末時期，武林六大門派圍攻明教聖壇駐地——光明頂，意圖殲滅明教，但後來張無忌解除明教危機，並當上教主。後來張無忌隱居大漠，傳位於楊逍。小説中認為明太祖朱元璋出身此教，明朝國號即源於此祕事。而朱元璋建立明朝後，為加強專制，取締明教。
那麼，歷史上真實的明教是什麼樣的？明朝真的從明教而來嗎？
明教的創教者摩尼生於公元216年，242年在巴比倫傳教，277年被釘死在十字架。他的目標是要建立一個世界性的宗教，超越一切的宗教傳統。摩尼聲稱自己是佛祖、瑣羅亞斯德和耶穌的繼承者，也是最後一位先知。摩尼説：“智慧和神蹟不斷的被神的使者傳給人類。因此曾經使者是來自印度的佛祖，在另一個時代則是來自波斯的瑣羅亞斯德;再一個時代則是以色列拿撒勒的耶穌。
啟示再次降臨，在這個最後時代的預言則通過我，摩尼，來自巴比倫的真主的使者。”摩尼教受到瑣羅亞斯德教和基督教、佛教的影響，其教義在諾斯底主義的影響下主張靈魂從肉體上徹底解脱，因而強調禁慾、食素。同時也包括了佛教的轉世説和敍利亞的天使説。另外則反對猶太教，把猶太教視為黑暗神的創造物。
唐高宗、武則天時期，摩尼教逐漸在安西都護府傳播。武后延載元年(694年)，波斯人拂多誕(Mihr-Ohrmazd)將摩尼教傳入中國;唐朝大曆三年(768年)於長安建有大雲光明寺。
摩尼教在中國又稱作明教，是因為信徒稱呼他們的神為“明尊”。但摩尼教在初入華時其實並不順利，他們設法假託佛教之名傳道。在唐玄宗開元期間，吐火羅國王曾獻一慕闍於中國，獲唐室接待。不過，在安史之亂前，該教並未在中華設寺院，史書反而載有對該教之禁令。據《通史》所載，玄宗不久以摩尼教“本是邪見，妄稱佛教誑惑黎元”為由，下令中國人嚴禁參與。
摩尼教傳入唐朝的同時，亦於之後不久地傳入回紇，更被後者定為國教。安史之亂後，因回紇自恃助唐平亂有功，摩尼教徒藉回紇的支持，得以在唐國傳教。據《佛祖統記》載，唐代宗大曆三年，敕準回紇摩尼教徒在長安建摩尼寺──大雲光明寺。其後，又應回紇之請，於荊州、洪州、越州等州建寺。唐憲宗元和二年(807年)，再於河南、太原建摩尼寺二所，並派專員保護。自此以後，摩尼教寺滿布中國境內。摩尼教教士隨伊斯蘭教使者來華，他們得到唐帝禮遇，在中國迅速傳播。
後來，摩尼教先於祆教、景教被禁，摩尼教再不能在社會公開傳教，轉而在民間祕密流傳，並漸與其他宗教結合，歷五代兩宋仍不衰。自此與下層的鬥爭結合起來，成為農民起義的號召旗幟之一。
五代後梁貞明六年(920年)，毋乙、董乙以“末尼”為旗幟，在陳州(今河南淮陽)造反。
後來，北宋徽宗宣和元年(1119年)的方臘之亂和建炎四年(1130年)鐘相起義，元惠宗至正十年(1351年)“明王出世”的韓山童、劉福通起義，都受摩尼教的影響。
明教在宋、元時期進一步和中國本土文化結合起來，成為下層人民和江湖人士對抗朝廷的鬥爭形式，由於明教長期受到朝廷壓抑，行事極為詭祕，有時也為江湖“白道”所誤解，比起一般的江湖人士，明教徒面臨着更大的壓力，因此反抗朝廷也更堅決，在歷史上幾次掀起大的波瀾。第一次是北宋末年，方臘利用摩尼教組織羣眾，舉行了聲勢浩大的起義，震動東南半壁河山。第二次是南宋以後，明教和白蓮教相聯結，在元末農民戰爭中充當了重要角色。元末農民大起義中的紅巾軍，多白蓮教徒，首領韓林兒又稱“小明王”，這個“明”又與明教有關。
朱元璋以淮右布衣起事，終於奄有華夏大地，很有一些傳奇色彩。在中國歷史上，沒有哪一位皇帝的出身如此卑微，也很少有人以南方的長江流域為基地而最終統一北方及全國。當察罕帖木兒及其養子擴廓帖木兒(王保保)於1359年攻破北方紅巾軍首都開封而逐步肅清北方農民軍隊時，蒙古朝廷不免洋洋得意，根據歷史經驗，還沒有誰從南方起事卻可北伐成功。然而朱元璋做到了，這是前無古人的巨大成就。
朱元璋建國號“明”，這一名稱是個能引起人們議論興趣的話題，吳晗説：“惟明太祖以至正二十七年(公元一三六七)稱吳元年，次年即帝位，始定國號曰大明，紀元洪武。吳非國號，亦非年號。至大明則非初起之地名，亦非所封之爵邑，亦非如後唐後漢之追溯其所始。”(《明教與大明帝國》)
“明”這一國號，體現了這位農民皇帝的一些特質，因為此名稱明顯來源於民間，不管是“明教”，《大小明王出世經》或是其他。朱元璋稱帝后，採納李善長的建議，下詔嚴禁白蓮社、明教，並把取締“左道邪術”寫進《明律》十一《禮律》，用法律形式固定下來。其後，白蓮教以各種支派的形式變換名目繼續得到發展，如永樂年間有唐賽兒起義，清朝中後期的白蓮教起義等;明教卻逐漸衰落了。
