毛南族有自己的語言，屬漢藏語系壯侗語族侗水語支。據專家考證，毛南語約在12世紀從侗水語支分離成為獨立的語種，並形成自己的結構系統及特點。因居住較集中，毛南語內部基本一致，沒有方言土語差別。同時，在音節結構方面，又保留本語族一定的特徵。
毛南語音結構複雜，有聲母66個，其中齶化聲母16個，脣化聲母13個，濁塞音及鼻音聲母各兩套，舌面音聲母、齶化聲母和脣化聲母各一套。此外還有送氣的清塞音與清塞擦音聲母，以及V、W各有不同音位之特點。有韻母86個，其中元音16個，音位關係複雜，有10個處於長短對立狀態。有的則可以跟高元音與清塞音等韻尾結合成韻。但韻母Y、L受漢語的直接作用較突出。共有8個調類，包括6個舒聲調和2個促聲調，且跟漢語的平、上、去、入(各分陰陽)相當;促聲調的調值因元音的長短不一而有所不同。整個調值受桂北壯語影響較深。
實用的大量固有詞語中，同義詞和近義詞豐富;量詞作計算事物數量單位外，還可以給事物區分類別。毛南語跟本語族存在不少同源詞，尤其與水族語言接近，因此它表達的空間遼闊，具備語言趨同因素。
毛南語構詞的手法多且有特色。如表達概念的方式有比擬、聯想和轉義等。單純詞的結構有聲有雙聲和疊韻關係;漢語藉詞為整體吸收，其音節在毛南語中大都沒有意義。
合成詞有三種九類方式，即有帶詞頭、帶詞尾及附加音節於後等類型。另有相當數量詞語的序列與漢語相反，如稱牛肉為肉牛，稱菜園為園菜等等。在語法中的詞類(較漢語多一個語氣詞及象聲詞)、詞組、句子成分和語序跟漢語基本一致，特別是同本語族更接近，其語序亦為主語—謂語—賓語。
受漢族，壯族等兄弟民族影響，會講漢語的人增多，有些混居和散居於城鎮的毛南族，他們的母語音調已不純正，壯語詞彙增多，採用漢語重疊形式、部分修飾成份移在中心詞前面的現象普遍化了。
