民國初年，雲波詭譎，過客匆匆，開國大都督與兩任大總統黎元洪，佔據了重要一頁。可是，長期以來，黎氏卻蓋棺難定論，評價兩極。這裏僅就黎元洪任命蔡元培為北大校長的台前幕後，説一説這位人們印象中的“武人”對教育、對文人的態度。
外國記者筆下的“儒將”
史書論及黎元洪，大多將其劃歸武人一類。從近年來發現的大量中外原始資料看，黎氏是一個徒有武人外形的文人雅士。他學貫中西、手不釋卷，他的書法作品，尤其是他重用文人與尊師重教，令人稱道。
1920年，他捐資3萬銀元創辦了湖北黃陂第一所中學——私立前川中學。接着，他出資10萬元擬建江漢大學，並準備讓哥倫比亞大學畢業的長女主持。只因時局動盪未果，後改建武漢大學宋卿體育館。他還不拘一格地讓入伍的秀才因材得職，並推動選拔人才走出國門，使當時湖北的留學人數約佔全國總數的四分之一。
黎任清廷湖北新軍旅長(協統)時，時軍中正在教唱張之洞填詞的軍歌，頌揚清朝“仁政”。投筆從戎的知識青年潘康時，竟將歌詞中的“大清深仁厚澤十餘朝，列聖相承無異舜與堯”，修改為“大清篡竊已歷十餘朝，列代相承無異金與遼”。這在當時可是殺頭的大罪，可是被告發到了黎大人那裏，居然逢凶化吉：不僅未給他加罪，反而認為人才難得，調到身邊當文書。後逐步提拔為排長和連長。接下來，潘成為辛亥革命中湖北隊官(連長)革命第一人。
德、法軍事觀察家來漢考察，黎以一口流利的英語與之交流，洋人在張之洞面前稱讚黎為“知兵之將”。英國記者埃德温·丁格爾採訪他後寫道：“黎元洪將軍具有中國人特有的儒雅，用英語跟我談話……他具有深邃的洞察力，這是一般軍人所無法企及的。”(《CHINAS REVOLUTION ：1911-1912》，中譯為《中國革命記：1911-1912》，1912年英文倫敦版)
黎元洪樂當北大伯樂
蔡元培是武昌首義後才聽説黎元洪的名字。他們兩人的名字聯在一起，是在武昌首義陽夏之戰結束、南北停戰議和開始之時。此間，南方民軍的首腦機關，出現了中央軍政府設鄂、臨時議會設滬的“雙包案”。據《蔡元培日記》披露，1911年11月28日，蔡元培應陳其美之邀，從德國返回上海。12月2日南京光復後，同盟會與各省在滬代表藴釀推舉大元帥，負責籌組臨時政府。
返國幾日，黨人告訴蔡元培，黎乃被迫起義，又正在與北洋軍妥協，認為黎當大元帥不妥。於是，蔡在開會前一天找到立憲派大佬、浙江軍政府都督湯壽潛，建議推舉黃興為大元帥，在場的章太炎也表贊同。次日，蔡元培提名黃興後，各省代表一致通過，於是大元帥一職順利定下。正在這時，章太炎站起來，垂泣而立稱，黎元洪是首難的人物，不可辜負他，應舉黎為副元帥。即獲通過。
當時，身在武昌前線的中央軍政府大都督黎元洪得知後，立即通電反對。因為早在陽夏之戰設壇拜將時，就已經向世人宣示：黎是劉邦，黃是項羽。現在豈能本末倒置。後來雖然改任黎為大元帥，黃副之，但黃興已經掌握了組閣權，武昌集團被排斥在外。此時黎氏的失落心情，可想而知。
不過，黎就任大總統後，表現得很大度，他打破黨同伐異的用人陳規，擬任蔡元培為浙江省長(未果)，意在組成“全民政府”。
1916年7月12日，黎元洪將教育總長孫洪伊改任內務總長，由範源廉長教育部。這時，社會名流紛紛呼籲整頓北京大學。黎首先想到的蔡元培任教育總長期間，主持制定了中國第一個西方化的新學制(史稱“壬子癸丑學制”)，以及將京師大學堂改為北京大學的驚世之舉。覺得蔡氏堪當大任。
這年9月的一天，範向黎報告：北京大學校長鬍仁源做不下去了，湯爾和與馬敍倫建議將蔡元培請回來掌管。黎頓時眉開眼笑地説：“很好，正合吾意。”於是，先由範源廉致電蔡：
“國事漸平，教育宜急。現以首都最高學府，萬頓大賢主宰，師表羣儉。海內人士，鹹深景仰。用特專電敦請我公擔任北京大學校長一席，務祈鑑允，早日歸國，以慰瞻望。”(高平叔：《蔡元培年譜》，中華書局，1980年版第29頁)
而後，黎沿用蔡元培當年改革北京大學的任命程序：由黎大總統簽署“中華民國五年十二月二十六日簡字第七百九十二號”命令：“任命蔡元培為北京大學校長”。並經國務總理段祺瑞與教育總長範源廉附署生效。
蔡元培應召回國，經滬抵京。他在《我在北京大學的經歷》中回憶説：
“初到上海，友人中勸不必就職的頗多，説北大太腐敗，進去了，若不能整頓，反於自己的聲名有礙，這當然是出於愛我的意思。但也有少數的説，既然知道他腐敗，更應進去整頓，就是失敗，也算盡了心;這也是愛人以德的説法。我到底服從後説，進北京。”(《東方雜誌》第31卷第1號，1934年1月1日)
蔡元培走馬上任後，面對教育經費困難，黎氏首先從自己做起，不惜壓縮總統府預算，自減薪水，即由袁世凱規定的191.5萬元/年，減為57.465萬元/年。擠出資金扶植教育。
黎與蔡討論女子應該參政問題時，黎説，有人以婦女程度不夠為由反對。蔡反駁道：只問婦女參政該不該，不能問她們程度夠不夠，縱然不夠，也可用教育補足不能剝奪其權利(姚全興：《蔡元培的男女平等思想》見《歷史知識》1981年第4期)。得到黎氏點頭後，北大開始招收女旁聽生。
在黎的大力支持下，以及陳獨秀等的襄助下，蔡對北大進行了大刀闊斧的改革，譜寫了北大的現代傳奇。
蔡元培歡迎黎復位
蔡元培就任北大校長半年後，因發生張勛復辟，黎元洪下野，蔡也宣佈辭職。不過，在復辟鬧劇流產後，蔡於當月重返北大。
時隔五年後的1922年夏，舉國上下響起了一片要求徐世昌下野，歡迎黎黃陂出山的聲浪。
這年5月13日，由知名學者胡適起草，經蔡元培、李大釗、王寵惠、羅文幹、湯爾和等16人聯合簽署的題為《我們的政治主張》的提議，在胡適主編的《努力》週刊第二期上發表。提出了政治改革的基本要求：
“第一、我們要求一個‘憲政的政府’;第二、我們要求一個‘公開的政府’;第三、我們要求一種‘有計劃的政治’。”
黎氏鑑於第一次當國的前車之鑑，正式發出通電，提出了“裁兵廢督”的主張，聲稱各省督軍“先行解職”之時就是他復位之日。
黎電發出後，就連控制局勢的直係軍閥頭目曹錕與吳佩孚，也表示臣服。各地軍閥亦紛紛效尤。
時任北京大學校長的蔡元培獲悉後，覺得該是“好人政府”法統重光的時候了。當胡適建議他不要發電催促黎元洪蒞京時，蔡仍堅持己見，表示“西南方反對舊國會，揭一黎以與孫對待而開議和，似亦未為不可”。於是，他於6月8日聯袂王家駒、李建勛、毛邦偉等10人，代表教育界發表通電，歡迎黎氏北上。電文雲：
天津黎大總統鈞鑒：
中央政府負責之人，考量事實，非公莫屬。務懇俯順輿情，維持大局。事關國脈，萬乞即日蒞京，勉任艱鉅，無任祈禱之至。(《民國日報》，1922年6月10 日)
這年6月11日早上8時，黎就登上了赴京復職的專列，在王家襄、吳景濂以及直系各省代表陪同下，自天津赴北京，於11時抵達北京，北京火車站與沿途街道彩旗飄舞，儀仗隊鳴槍歡迎。下午在幕僚和各界名流的前呼後擁下，黎前往中南海懷仁堂參加總統就職典禮。
黎氏重作馮婦後，北京城內出現了一些開明氣象。黎有意任蔡元培為教育總長，李大釗為次席(《世界日報》，1927年4月10日)。蔡李皆不就，遂改蔡的好友湯爾和就任。此時的蔡元培前所未有地關心政治，他和林長民等名流一樣，知道黎元洪和他的好人政府來之不易，又發動北京86個團體，於“雙十節”國慶這天，在天安門前召開了聲勢浩大的國民裁兵大會。那天他親自擔任大會主席，還請出黎大總統當場發表同意裁兵的演説。廣場上彩旗招展，五六萬人的口號聲，響徹天空。
黎任命的“好人內閣”粉墨登台果然不負重望，湯爾和一出任教育總長，就按黎氏的旨意，從羅文幹手裏弄來了一筆錢，緩解燃眉之急。因為當時北大的教職員工，已經五個月沒發薪水了。經蔡元培斡旋，教育部先撥給北大兩個月的工資。這真好似久旱逢雨，“北大派”一下來了勁，蔡元培和胡適、丁文江等“努力會”成員，似乎看到了法統重光的一線希望。
蔡元培掛印而去
不久，因羅文幹捲入曹錕與吳佩孚的內鬥，羅文幹成為犧牲品。導致蔡元培於1923年1月17日第六次辭職。
羅文干時任財政總長，曾經在北大任教。羅因金佛郎案被逮捕後，司法機關查無證據將羅放了。不料，教育總長彭允彝竟然在國務院會議上，提案將羅再抓起來。蔡元培瞭解羅的人格和清白，為了抗議行政干預司法，不與違背法治的北洋政府為伍，他正式向黎元洪和教育部提出辭職，並公開在《北京大學日刊》發表辭職聲明。還寫了一篇《關於不合作宣言》，發表在上海《申報》上。
1月19日下午，為眾議員對閣員的票時間。北京大學等校的數千名學生前往眾議院請願，他們手執“驅逐教育界敗類彭允彝”的小旗子，在隊伍前舉着一杆大旗，上書“警告國會”四個大字。可是，當隊伍遊行到眾議院門口時，吳景濂竟指使警察毒打赤手空拳的學生，當場受傷者二百餘人。當學生隊伍被驅散後，多數議員居然投了彭的同意票。頓時引起全國學界的憤怒。1月20日，北大全體教職員呈黎大總統文，並發表宣言，懇請罷免彭允彝教育總長職務，挽留蔡元培校長。1月24日下午參議員投票時，北大等42所學校五千餘學生，前往參議院請願。要求該院否決眾議院對彭的同意案……
到了6月23日，在杭州西湖的蔡還和胡適商定三個稿子，分別是給北京各校教職員聯席會議、北大教職員和北大學生會的公開信，繼續他和軍閥政府的不合作。蔡元培的這次辭職社會反響很大，因迫於輿論的強大壓力，彭允彝不得不下台。
蔡元培辭職赴津後，黎元洪和國務院通電挽留，並不予批准，造成蔡辭職不成。但他不再到校，由蔣夢麟代理校務。北洋政府始終沒有免蔡元培的職。
1911年11月上旬，宣統三年辛亥年，辛亥革命爆發，在陳其美去電催促下，蔡元培取道西伯利亞回國。
1912年1月4日，民國元年，中華民國臨時政府在南京成立，他就任南京臨時政府教育總長。教育部在蔡元培之下對公眾徵求可能的國歌，後來頒佈了中華民國臨時國歌，由沈恩孚作詞、沈彭年譜曲的國歌擬稿，歌名《五旗共和歌》(中華民國國歌)
1月19日，民國元年，他頒佈了《普通教育暫行辦法》，並主持制定了《大學令》和《中學令》，這是中國的第一個大學和中學校令，他強調要把中學和大學鍵造成健全國民的學校。
2月，魯迅被他邀請到教育部任職。
1912年7月，蔡元培因不願與袁世凱政府合作而辭職。
1913年，民國二年蔡元培46歲時，再次赴法國從事學術研究，在留歐的三年時間裏，又編撰了不少哲學美學著作。
1915年6月，民國四年，蔡元培48歲時，他與李石曾、吳玉章等發起組織華法教育會，在法國倡勤勤工儉學，希望以次組織幫助更多華人到歐洲求學，後來的周恩來、鄧小平等均是通過這個組織的幫助後順利在法國進行學習的。
1916年夏，黎元洪的北京政府終於明令恢復了民國初年的《臨時約法》，孫中山、黃興等一大批流亡海外的革命黨人紛紛相約回國，一些浙江籍議員還發電給遠在法國的蔡元培，説是要推選他當浙江省督軍。
1916年11月8日，蔡元培與吳玉章一起乘船由馬賽回國，抵達上海。
1916年12月26日，民國五年，蔡元培49歲時，受命擔任北京大學校長。
1917年1月9日，蔡元培發表就任北京大學校長的演説，對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位。
1917年，蔡元培聘請《新青年》主編陳獨秀為文科學長，並聘請李大釗、胡適、錢玄同等“新派”人物在北大任教，採用“思想自由，兼容幷包”的辦學方針，實行“教授治校”的制度，提倡學術民主，支持新文化運動。
1917年，蔡元培邀請著名哲學家梁漱溟到北京大學講授印度哲學。
1917年，徐悲鴻應蔡元培之邀從日本東京返北京，任北京大學畫法研究會導師。
1917年7月，胡適從美國學成回國，被北京大學校長蔡元培聘為教授。
1917年7月3日，蔡元培在北大發表熱情洋溢的就職演説的餘熱未散，就向黎元洪總統提出辭職了，措辭委婉，但動因沉鬱，那就是抗議張勛復辟。
1917年10月，民國六年，蔡元培50歲時，主持教育部召開北京各高等學校代表會議，討論修改大學規程，北京大學文科提出廢年級制，採用選科制的議案，會議議決通過，決定在北大試行。北大選科制規定每週一課時，學完一年為一個單位，本科應修滿80個單位，一半必修，一半選修(理科酌量減少)，修滿即可畢業，不拘年限;預科應修滿40個單位，必修佔四分之三，選修佔四分之一。選修科目可以跨系。
1918年，他更明確地指出：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學者當有研究學問之興趣，尤當養成學問家之人格。
