《孽海花》批判了封建統治階級的昏聵無能、封建士大夫的醉生夢死以及封建制度的腐朽沒落，表現了資產階級民主革命的要求和思想，具有強烈的時代精神，具有一定的政治意義。另外，小説着重表現了晚清高級知識分子在“由舊到新”這一歷史“大轉關”時期的精神生活和文化心態，反映了同光時代各種思想文化的衝突與嬗變，反映了它的文化意義。
從雅聚園的描寫中，可表現出同治時期一般讀書士子的精神風貌，國家已岌岌，而他們對此卻麻木不仁，對世界大勢幾乎是一無所知。然而，時代變化促使讀書士子階層發生分化，某些通達之士亦注重經史百家的學問，對西學表現出濃厚的興趣。就在第2回敍及金雯青在上海小住。洋務派馮桂芬來訪，為主人公闡明時代變遷以及學習西學的重要性，一番話直令狀元郎茅塞頓開。隨後，金雯青又應邀赴一品香會客，席間聽薛淑雲(影射薛福成)、王子度(影射黃遵憲)等人“議論風生，都是説着西國政治學藝”，想道：“我雖中個狀元。。。從今看來，那科名鼎甲是靠不住的，總要學些西法，識些洋務，派入總理衙門當一個差，才能夠有出息哩！”由此意味深長的心理剖白，可見在上海這等開放的城市，學西法、識洋務在知識界已成為時尚。到18回有關“談瀛會”的描敍，就十分清晰地表現了這一思想文化變遷的足跡。從第2回寫金雯青衣錦還鄉、途經上海聆聽薛淑雲、王子度的洋務高論，到18回敍及金雯青由俄返國途經上海蔘加“談瀛會”，其間經歷了20餘年的時間，這期間思想文化界發生了深刻的變化，康有為的維新變法思想開始在社會傳播，同時，從洋務派中亦分化出一批具有變法思想的改良派。“談瀛會”上，依然是薛淑雲、王子度一班人，而其政治見解較20年前大有進步。“談瀛會”的中心話題是：“吾今自強之道，究以何者為先？”圍繞此論題，各抒高見。或以為力爭外交權為急務;或以為當以練兵為首要;或以為發展經濟為基礎;而最具説服力的論辯，則是以為必以政體變革為第一。而此論實際上最終成為諸名士的共識。毫無疑問，它屬於改良主義的新思潮。
此外作者也刻畫了一批思想激進的知識分子，他們以為清朝政府已經腐敗透頂，以和平的方式去變革政體不過是幻想，最終難以付諸實踐。第29回敍及革命派領袖人物楊雲衢(影射楊鴻飛)的演講辭，從而明確揭示了革命派政治主張的本質內容：“現在的中國少不得革命的了！。。。現在的革命，要組織我黃帝子孫民族共和的政府。”很顯然，這種以“推翻專制，建立共和”為核心的政治主張。但是，在小説所描寫的那個特定時代，革命派思潮尚未風靡社會。第29回敍及革命中堅人物陳千秋隻身赴滬，結果卻令他大為失望。偌大一個上海，竟難覓知音。即使“大家推崇的維新外交家王子度，也只是主張廢科舉，興學堂;眾人驚詫的改制新教王唐猷輝(影射康有為)，不過説到開國會，定憲法。都是扶牆摸壁的政論，沒一個揮戈回日的奇才”。陳千秋的憂憤，既表達了對維新派切中肯棨的批判，又反映了革命派思想尚缺乏知音的時代特徵。革命派思潮風行於世，那是戊戌變法失敗之後的事情。
《孽海花》成書於資產階級革命走向高漲的年代，其昂揚的愛國精神和激進的革命傾向，發聾振聵。首回“惡風潮陸沉奴隸國”，體現了作家深切的危機意識，“十八省早已都不保了”的疾呼，在20世紀初葉敲起了警鐘。作家的批判筆鋒集中指向封建專制政體，甚至借書中人物之口，闡揚了石破天驚的革命主張：“從前的革命，撲了專制政府，又添一個專制政府;現在的革命，要組織我黃帝子孫民族共和的政府。”(第四回)書中還勾勒了英氣勃勃的革命黨人孫汶、陳千秋、史堅如等的形象，其思想之激進，實出於晚清一般譴責小説之上。
循着作者的筆觸，不難尋繹出30年間政治、文化的演變史，從而，使小説具有了“歷史哲學”的意味和境界。雖然，小説中不乏對清廷腐敗的揭露和譴責，然而，它只是在反映政治文化變遷史過程中的附帶而已。因此，《孽海花》終究是一部“歷史小説”。只有把握了它的這一本質特徵，對這部小説的理解就會深入一層。
